Metrikler
Yayın
106
Açık Erişim
3
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Biyografi
Prof. Dr. Pemra ÖZBEK SARICA, 1982 yılında İstanbul'da doğdu. 2004 yılında Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü’nde lisans eğitimini tamamladıktan sonra, aynı yıl lisansüstü çalışmalar yapmak üzere İngiltere'ye gitti. Imperial College London'da 2008 yılında Makine Mühendisliği doktorasını tamamladı. 2008-2011 yılları arasında Boğaziçi Üniversitesi Kimya Mühendisliği Bölümü Polimer Araştırma Merkezinde (PRC) doktora sonrası araştırmacı olarak çalıştı. 2011 yılında Marmara Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü'ne Yardımcı Doçent olarak katılan Sarıca, 2018 yılında doçent ünvanını, 2024 yılında profesör ünvanını aldı. Hesapsal Biyoloji ve Biyoinformatik araştırma grubunun (Computational Biology and Bioinformatics Research Group) yürütücüsü olarak çalışmakta olup, danışmanlığında çok sayıda yüksek lisans ve doktora tezi tamamlanmıştır.
Eğitim Bilgileri
2004 - 2008
2004 - 2008Bütünleşik Doktora
Imperial College of Science, Technology and Medicine, Mühendislik Fakültesi, Makine Mühendisliği, Birleşik Krallık
1999 - 2004
1999 - 2004Lisans
Boğaziçi Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, Türkiye
Yaptığı Tezler
2008
2008Bütünleşik Doktora
Rapid Fracture Resistance of Polyethylene Dependence on Polymer Structure
University of London-Imperial College of Science, Technology and Medicine, Mühendislik Fakültesi, Makine Mühendisliği
Yabancı Diller
C2 Ustalık
C2 Ustalıkİngilizce
Araştırma Alanları
Kimya Mühendisliği ve Teknolojisi
Temel Bilimler
Mühendislik ve Teknoloji
Akademik Ünvanlar / Görevler
2017 - Devam Ediyor
2017 - Devam EdiyorDoç. Dr.
Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü
2011 - 2017
2011 - 2017Yrd. Doç. Dr.
Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü
2008 - 2011
2008 - 2011Araştırma Görevlisi
Boğaziçi Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Kimya Mühendisliği Bölümü
2004 - 2008
2004 - 2008Araştırma Görevlisi
Imperial College of Science, Technology and Medicine, Mühendislik Fakültesi, Makina Mühendisliği
Yönetimsel Görevler
2019 - 2022
2019 - 2022Bölüm Başkan Yardımcısı
Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü
2013 - 2020
2013 - 2020Mevlana Değişim Programı Kurum Koordinatörü
Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü
2010 - 2020
2010 - 2020Erasmus Programı Kurum Koordinatörü
Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü
Yönetilen Tezler
2021
2021Yüksek Lisans
INVESTIGATION OF TYPE 4 PILI ATPASE INHIBITOR USING COMPUTATIONAL TOOLS
Özbek Sarıca P.
A.Özcan(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Development of a Web–Based Tool for Network Analysis of Protein Structure
Özbek Sarıca P. (Danışman)
R.Murat(Öğrenci)
2019
2019Yüksek Lisans
Computational study on the inhibition multidrug resistance efflux pumps
SARIYAR AKBULUT B. (Eş Danışman), ÖZBEK SARICA P. (Eş Danışman)
D.Şentürk(Öğrenci)
2018
2018Doktora
Computational Dynamical Characterization of Human Major Histocompatibility Complex Proteins
Özbek Sarıca P. (Danışman)
O.SERÇİNOĞLU(Öğrenci)
2018
2018Yüksek Lisans
Computational Investigation of Peptide Binding Affinity and Complex Stability of Major Histocompatibility Complex (MHC)
Özbek Sarıca P. (Danışman)
A.Bunsuz(Öğrenci)
2017
2017Yüksek Lisans
Computational Investigation of Protein Dynamics Based on Energy Dissipation
Özbek Sarıca P. (Danışman)
E.Naz(Öğrenci)
2015
2015Yüksek Lisans
Computational Study On The Effect of pH on the Binding Behaviour of HLA-B Alleles
Özbek Sarıca P. (Danışman)
Z.Kutlu(Öğrenci)
2015
2015Yüksek Lisans
Docking Studies in HLA Molecules
Özbek Sarıca P. (Danışman)
G.ÖZCAN(Öğrenci)
Makaleler
Tümü (42)
SCI-E, SSCI, AHCI (37)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (37)
Scopus (37)
TRDizin (2)
Diğer Yayınlar (3)
2025
20251. Multi-approach study on diethylhexyl phthalate and monoethylhexyl phthalate binding to lysozyme: In silico, bioactivity and surface plasmon resonance analyses
Aydoğan Ahbab M., Taşteki̇l I., Pınar E. G., ÖZBEK SARICA P., Türkoğlu E. A.
Toxicology Letters
, cilt.408, ss.54-64, 2025 (SCI-Expanded)
2025
20252. Binding Affinity and Interaction Mechanism of Chlorhexidine with Lysozyme: Insights from Surface Plasmon Resonance, Molecular Docking, and Molecular Dynamics Simulations
Çungur S., Taştekil I., ÖZBEK SARICA P., Türkoğlu E. A.
ChemistrySelect
, cilt.10, sa.7, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20253. Antivirulence therapy: type IV pilus as a druggable target for bacterial infections
Basaran E., Avci F. G., Ozcan A., Kula C., Ben Ali Hassine S., Keskin O., et al.
Medicinal Chemistry Research
, cilt.34, sa.2, ss.285-300, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20254. Elucidation of the Binding Interaction between β-sitosterol and Lysozyme using Molecular Docking, Molecular Dynamics and Surface Plasmon Resonance Analysis
Sayğı T. K., Pınar E. G., Taştekil I., ÖZBEK SARICA P., TOPÇU G., Türkoğlu E. A.
Chemistry and Biodiversity
, cilt.22, sa.2, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20255. Understanding the PET micro/nanoplastics as an environmental stressor on pancreatin enzyme: leaching and binding characterization by multi-spectroscopic and molecular docking examination, and the resulting impact on Escherichia coli
Saygin H., Baysal A., Tilkili B., Apaydin E., ÖZBEK SARICA P.
Nanotoxicology
, cilt.19, sa.5, ss.508-527, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)
2025
20256. Attenuation of Type IV pili activity by natural products
Yalkut K., Ben Ali Hassine S., Basaran E., KULA C., Ozcan A., Avci F. G., et al.
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, cilt.43, sa.12, ss.5719-5729, 2025 (SCI-Expanded)
2024
20247. Surface plasmon resonance, molecular docking, and molecular dynamics simulation studies of lysozyme interaction with tannic acid
Türkoğlu E. A., Taştekil I., ÖZBEK SARICA P.
Food Science and Nutrition
, cilt.12, sa.10, ss.7392-7404, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20248. Lung Adenocarcinoma Systems Biomarker and Drug Candidates Identified by Machine Learning, Gene Expression Data, and Integrative Bioinformatics Pipeline
Soyer S. M., ÖZBEK SARICA P., KASAVİ C.
OMICS A Journal of Integrative Biology
, cilt.28, sa.8, ss.408-420, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)
2024
20249. Polymorphism in F pocket affects peptide selection and stability of type 1 diabetes-associated HLA-B39 allotypes.
Amarajeewa A. W. P., Özcan A., Mukhtiar A., Ren X., Wang Q., Ozbek P., et al.
European journal of immunology
, cilt.54, sa.6, 2024 (SCI-Expanded)
2023
202310. Piperidine-based natural products targeting Type IV pili antivirulence: A computational approach
Ozcan A., Keskin O., Sariyar Akbulut B., Özbek Sarica P.
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING
, cilt.119, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2023
202311. A review on the mechanistic details of OXA enzymes of ESKAPE pathogens
Avci F. G., Tastekil I., Jaisi A., ÖZBEK SARICA P., SARIYAR AKBULUT B.
PATHOGENS AND GLOBAL HEALTH
, cilt.117, sa.3, ss.219-234, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202212. Epistatic effects between amino acid insertions and substitutions mediate toxin-resistance of vertebrate Na+, K+-ATPases
Mohammadi S., Özdemir H. I., Özbek Sarica P., Sumbul F., Stiller J., Deng Y., et al.
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
, cilt.1, sa.1, ss.100-102, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202213. How Epstein-Barr virus envelope glycoprotein gp350 tricks the CR2? A molecular dynamics study
Bingöl E. N., Taştekil I., Yay C., Keskin N., ÖZBEK SARICA P.
Journal of Molecular Graphics and Modelling
, cilt.114, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202214. Assessment of 13 in silico pathogenicity methods on cancer-related variants
Yazar M., ÖZBEK SARICA P.
Computers in Biology and Medicine
, cilt.145, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202215. Exploring the recognition differences of peptides in TCR-pMHC complex
Bingol E. N., Özbek Sarica P.
BIOPHYSICAL JOURNAL
, cilt.121, sa.3, 2022 (SCI-Expanded)
2022
202216. Systems biomarkers for papillary thyroid cancer prognosis and treatment through multi-omics networks
Gulfidan G., Soylu M., Demirel D., Erdonmez H. B. C., Beklen H., ÖZBEK SARICA P., et al.
ARCHIVES OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS
, cilt.715, 2022 (SCI-Expanded, Scopus)
2022
202217. Hydration modulates oxygen channel residues for oxygenation of cysteine dioxygenase: Perspectives from molecular dynamics simulations
Tariq M., Özbek Sarica P., Moin S. T.
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING
, cilt.110, 2022 (SCI-Expanded)
2021
202118. Differential Interactome Based Drug Repositioning Unraveled Abacavir, Exemestane, Nortriptyline Hydrochloride, and Tolcapone as Potential Therapeutics for Colorectal Cancers
beklen h., arslan s., Gulfidan G., Turanlı B., ÖZBEK SARICA P., Karademir Yılmaz B., et al.
Frontiers in Bioinformatics
, cilt.1, 2021 (Hakemli Dergi)
2021
202119. Unraveling the Allosteric Communication Mechanisms in T-Cell Receptor-Peptide-Loaded Major Histocompatibility Complex Dynamics Using Molecular Dynamics Simulations: An Approach Based on Dynamic Cross Correlation Maps and Residue Interaction Energy Calculations
Bingol E. N., Sercinoglu O., Özbek Sarica P.
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING
, cilt.61, sa.5, ss.2444-2453, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2021
202120. In SilicoTools and Approaches for the Prediction of Functional and Structural Effects of Single-Nucleotide Polymorphisms on Proteins: An Expert Review
Yazar M., ÖZBEK SARICA P.
OMICS-A JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY
, cilt.25, ss.23-37, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202021. Identification of novel inhibitors of the ABC transporter BmrA
Serçinoğlu O., Senturk D., Altinisik K., Avci F., Frlan R., Tomašič T., et al.
BIOORGANIC CHEMISTRY
, cilt.105, 2020 (SCI-Expanded)
2020
202022. Revisiting allostery in CREB-binding protein (CBP) using residue-based interaction energy
Yazar M., Ozbek P.
JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN
, cilt.34, sa.9, ss.965-974, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202023. New Machine Learning Applications to Accelerate Personalized Medicine in Breast Cancer: Rise of the Support Vector Machines
Ozer M. E., Sarica P., ARĞA K. Y.
OMICS-A JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY
, cilt.24, sa.5, ss.241-246, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)
2020
202024. Sequence-structure-function relationships in class I MHC: A local frustration perspective
Serçinoğlu O., Ozbek P.
PLOS ONE
, cilt.15, sa.5, 2020 (SCI-Expanded)
2020
202025. Computational investigation of peptide binding stabilities of HLA-B*27 and HLA-B*44 alleles
Bunsuz A., SERÇİNOĞLU O., Ozbek P.
Computational Biology and Chemistry
, cilt.84, 2020 (SCI-Expanded)
2020
202026. Next-Generation Sequencing Identifies BRCA1 and/or BRCA2 Mutations in Women at High Hereditary Risk for Breast Cancer with Shorter Telomere Length
Peker E., Yenmiş G., Bingöl E., Yüksel Ş., Tokat F., Özbek P., et al.
OMICS-A JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY
, cilt.24, sa.1, ss.5-15, 2020 (SCI-Expanded)
2019
201927. ProSNEx: a web-based application for exploration and analysis of protein structures using network formalism
Aydınkal R. M., Serçinoğlu O., Özbek Sarıca P.
Nucleic Acids Research
, cilt.1, sa.1, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)
2019
201928. How Do Mutations and Allosteric Inhibitors Modulate Caspase-7 Activity? A Molecular Dynamics Study
Bingol E. N., Serçinoğlu O., Özbek Sarıca P.
Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics
, cilt.37, sa.13, ss.3456-3466, 2019 (SCI-Expanded)
2018
201829. HLA Moleküllerinde Peptit Ligandlarının Kompleks Stabilitesine Olan Etkisinin Araştırılması
Bunsuz A., Serçinoğlu O., Özbek Sarıca P.
International journal of advances in engineering and pure sciences (Online) , cilt.30, 2018 (Hakemli Dergi)
2018
201830. gRINN: a tool for calculation of residue interaction energies and protein energy network analysis of molecular dynamics simulations
Sercinoglu O., Özbek Sarıca P.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
, cilt.46, 2018 (SCI-Expanded)
2018
201831. HLA Proteinlerinin GNM Metodu ile Dinamik Karakterizasyonu
SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
Dokuz Eylül Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Fen ve Mühendislik Dergisi
, cilt.20, sa.59, ss.376-399, 2018 (Hakemli Dergi)
2018
201832. Computational characterization of residue couplings and micropolymorphism-induced changes in the dynamics of two differentially disease-associated human MHC class-I alleles
Sercinoglu O., Özbek Sarıca P.
JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS
, cilt.36, ss.724-740, 2018 (SCI-Expanded)
2016
201633. A computational docking study on the pH dependence of peptide binding to HLA-B27 sub-types differentially associated with ankylosing spondylitis
Sercinoglu O., Ozcan G., Kabas Z. K., ÖZBEK SARICA P.
JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN
, cilt.30, sa.7, ss.569-581, 2016 (SCI-Expanded)
2016
201634. Dynamic characterization of HLA-B*44 Alleles: A comparative molecular dynamics simulation study
ÖZBEK SARICA P.
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY
, cilt.62, ss.12-16, 2016 (SCI-Expanded)
2015
201535. DynaFace: Discrimination between Obligatory and Non-obligatory Protein-Protein Interactions Based on the Complex's Dynamics
Soner S., ÖZBEK SARICA P., Garzon J. I., Ben-Tal N., HALİLOĞLU T.
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY
, cilt.11, sa.10, 2015 (SCI-Expanded)
2013
201336. Hot Spots in a Network of Functional Sites
ÖZBEK SARICA P., Soner S., HALİLOĞLU T.
PLOS ONE
, cilt.8, sa.9, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)
2011
201137. Community wide assessment of protein interface modeling suggests improvements to design methodology
Sarel J F., Timothy A W., Strauch E., Corn J. E., Qin S., Zhou H., et al.
Journal Of Molecular Biology
, cilt.414, ss.289-302, 2011 (SCI-Expanded)
2010
201038. DNABINDPROT fluctuation based predictor of DNA binding residues within a network of interacting residues
Özbek Sarıca P., Soner S., Erman B., Haliloglu T.
Nucleic Acids Research
, cilt.38, ss.417-423, 2010 (SCI-Expanded)
2009
200939. Protein dynamics
ÖZBEK SARICA P., Haliloglu T.
Sigma Mühendislik ve Fen Bilimleri Dergisi , cilt.27, ss.161-170, 2009 (Hakemli Dergi)
2009
200940. Fracture mechanics analysis of arc shaped specimens for pipe grade polymers
ÖZBEK SARICA P., Argyrakis C., Leevers P.
Polymer Testing
, cilt.28, ss.357-361, 2009 (SCI-Expanded)
2008
200841. Uniaxial tensile properties underlying plane stress rapid fracture resistance in polyethylene
ÖZBEK SARICA P., Leevers P.
Polymer Engineering And Science
, cilt.48, ss.1855-1861, 2008 (SCI-Expanded)
2007
200742. Plane stress rapid fracture resistance of pipe grade PE Estimation from tensile drawing data
ÖZBEK SARICA P., Leevers P. S.
ANTEC Conference Proceedings , cilt.5, ss.2880-2884, 2007 (Hakemli Dergi)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2024
20241. Implications of Machine Learning Approaches in Cancer for Biomarker Discovery: Oversampling and Feature Selection
Soyer S. M., Özbek Sarica P., Kasavi C.
5th International Eurasian Conference on Science, Engineering and Technology (EurasianSciEnTech 2024), Ankara, Türkiye, 26 - 28 Haziran 2024, (Özet Bildiri)
2023
20232. A drug repurposing study on the inhibition of type IV pili
Özcan A., Ben Ali Hassine S., KULA C., AVCI F. G., ÖZBEK SARICA P., SARIYAR AKBULUT B.
47th FEBS Congress, Tours, Fransa, 08 Temmuz 2023, (Özet Bildiri)
2022
20223. Screening of FDA-Approved Natural Drugs as Anti-Virulence Agents Against Pseudomonas aeruginosa and Neisseria meningitidis
Özcan Yöner A., KULA C., AVCI F. G., KESKİN ÖZKAYA Z. Ö., ÖZBEK SARICA P., SARIYAR AKBULUT B.
FEMS Conference on Microbiology, Belgrade, Sırbistan, 30 Haziran 2022, (Özet Bildiri)
2021
20214. Differential Interactome Based Drug Repositioning Unraveled Potential Therapeutics for Colorectal Cancers
BEKLEN H., Arslan S., GULFİDAN G., TURANLI B., ÖZBEK SARICA P., YILMAZ B., et al.
3rd EURASIA BIOCHEMICAL APPROACHES & TECHNOLOGIES (EBAT) CONGRESS, Antalya, Türkiye, 4 - 07 Kasım 2021, (Özet Bildiri)
2020
20205. New inhibitors of the BmrA pump identified through virtual screening
Senturk D., SERÇİNOĞLU O., ALTINIŞIK KAYA F. E., Frlan R., Tomasic T., AVCI F. G., et al.
MuTaLig COST ACTION CA15135 4th WG meeting, 05 Mart 2020, (Özet Bildiri)
2019
20196. Exploring dynamics of pMHCusing accelerated molecular dynamics
Bingol E. N., ÖZBEK SARICA P.
7th International Bahçeşehir University (BAU) Drug Design Congress, 19 - 21 Aralık 2019, (Özet Bildiri)
2019
20197. Identification of allostery in CREB-Binding Protein via using pairwiseresidue interaction energy method
YAZAR M., ÖZBEK SARICA P.
7th International Bahçeşehir University (BAU) Drug Design Congress, 19 - 21 Aralık 2019, (Özet Bildiri)
2019
20198. A Tool for Investigating Protein Signaling Network by Perturbation of External Energy Dissipation
özer m. e., özdemir h. i., SERÇİNOĞLU O., Bingol E. N., ÖZBEK SARICA P.
7th International Bahçeşehir University (BAU) Drug Design Congress, 19 - 21 Aralık 2019, (Özet Bildiri)
2019
20199. Ailesel Meme Kanseri Hastalarında BRCA1 ve BRCA2 Genlerinin Yeni Nesil Dizileme Yöntemi ile Dizilenmesi ve Telomer Uzunluğuyla İlişkisi
PEKER EYÜBOĞLU İ., YENMİŞ G., BİNGÖL E. N., YÜKSEL KILIÇTURGAY Ş., TOKAT F., ÖZBEK SARICA P., et al.
Tıbbi Biyoloji ve Genetik kongresi, Türkiye, 27 - 30 Ekim 2019, (Özet Bildiri)
2019
201910. Determination Of Candidate Biomarkers Through Differential Interactome in Colorectal Adenocarcinoma
BEKLEN H., GULFİDAN G., TURANLI B., ÖZBEK SARICA P., YILMAZ B., ARĞA K. Y.
The 12th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT 2019), İzmir, Türkiye, 17 - 19 Ekim 2019, (Özet Bildiri)
2019
201911. Comparative dynamical characterization of TCR and MHC molecules upon binding via molecular dynamics simulations
Bingol E. N., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
ECOMB, 19 - 21 Eylül 2019, (Özet Bildiri)
2018
201812. Protein Networks: Development of a web tool to analyze protein structural topology
aydınkal r. m., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
6th International BAU-Drug Design Congress, 13 - 15 Aralık 2018, (Özet Bildiri)
2018
201813. Dynamical characterization of TCRpMHC complex: A comparative molecular dynamics study
Bingol E. N., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
6th International BAU-Drug Design Congress, 13 - 15 Aralık 2018, (Özet Bildiri)
2018
201814. Comparison of allosteric pathway identification of CREB-binding protein using computational methods
YAZAR M., ÖZBEK SARICA P.
6th International BAU-Drug Design Congress, 13 - 15 Aralık 2018, (Özet Bildiri)
2018
201815. Comparative Analysis of Two Binding Sites on The BmrA Efflux Pump
şentürk karagöz d., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P., orelle c., Jault J., SARIYAR AKBULUT B.
6th International BAU-Drug Design Congress, Türkiye, 13 - 15 Aralık 2018, (Özet Bildiri)
2018
201816. Biophysical Links Between Polymorphism, Stability and Peptide-Binding in the Major Histocompatibility Complex
SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
6th International BAU-Drug Design Congress, 13 - 15 Aralık 2018, (Özet Bildiri)
2018
201817. VIRTUAL SCREENING FOR INHIBITORS OF THE BmrA PUMP
şentürk karagöz d., SERÇİNOĞLU O., SARIYAR AKBULUT B., ÖZBEK SARICA P., orelle c., jault j. m.
HIBIT 2018 11TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON HEALTH INFORMATICS AND BIOINFORMATICS, 25 - 27 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201818. Understanding the dynamic natureof proteins using molecular dynamics (MD)simulations
ÖZBEK SARICA P.
International conference on applied mathematics, modeling and Life Sciences, 3 - 05 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201819. Development of a web-based tool for network analysis of protein structures
Aydınkal R. M., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
International conference on applied mathematics, modeling and Life Sciences, 3 - 05 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201820. Investigation of catalytic loop motions and global dynamics ofcaspase- 7 structures
Bingöl E. N., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
International conference on applied mathematics, modeling and Life Sciences, 3 - 05 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201821. Computational Approaches to the Investigation ofPeptide-MHC Complex Stability
Bunsuz A., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
International conference on applied mathematics, modeling and Life Sciences, 3 - 05 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201822. Biophysical basis of MHC Class I polymorphism
SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
International conference on applied mathematics, modeling and Life Sciences, 3 - 05 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201823. Comparison of computational allosteric pathwayidentification methods
YAZAR M., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
International conference on applied mathematics, modeling and Life Sciences, 3 - 05 Ekim 2018, (Özet Bildiri)
2018
201824. Quantifying Peptide Binding Affinities from Non-equilibrium Work
Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
62nd Annual Meeting of the Biophysical-Society, San-Francisco, Kostarika, 17 - 21 Şubat 2018, cilt.114, (Özet Bildiri)
2017
201725. Effect of temperature on the molecular dynamics simulations of HLA-A 02 alleles,
Bunsuz A., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
International Symposium on Chemistry via Computation Applications on Molecular Nanoscience, 30 Ekim 2017, (Özet Bildiri)
2017
201726. A Software Tool for Parallel Computation and Characterization of Residue Interaction Energies from Molecular Dynamics Simulations
SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
International Symposium on Chemistry via Computation Applications on Molecular Nanoscience, 30 Ekim 2017, (Özet Bildiri)
2017
201727. Construction of allosteric residue networks in caspase-7 using energy perturbation responses
Bingol E. N., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
International Symposium on Chemistry via Computation Applications on Molecular Nanoscience, 30 Ekim 2017, (Özet Bildiri)
2017
201728. Detection of the allosteric residue network in effector caspase molecules by energy dissipation model
Bingol E. N., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
5th International BAU-Drug Design Congress, 19 - 21 Ekim 2017, (Özet Bildiri)
2017
201729. Immunogenic Peptide - HLA-A 02:01 Complexes Studied by Comparative Molecular Dynamics Simulation
Bunsuz A., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
5th International BAU-Drug Design Congress, 19 - 21 Ekim 2017, (Özet Bildiri)
2017
201730. Steered Molecular Dynamics Simulation for Efficient Ranking of Peptide - MHC Class I Binding Affinities_
SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
5th International BAU-Drug Design Congress, 19 - 21 Ekim 2017, (Özet Bildiri)
2017
201731. Allelic dependence of MHC I stability on peptide termini conta ts in MD simulations
SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
19th UIPAB congress and 11th EBSA congress, 16 - 20 Temmuz 2017, (Özet Bildiri)
2017
201732. Investigation of Peptide Binding Affinity andThermalStability ofHuman Leukocyte Antigens (HLAs)
Bunsuz A., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
19th UIPAB congress and 11th EBSA congress, 16 - 20 Temmuz 2017, (Özet Bildiri)
2016
201633. Searching a communication pathway between allosteric siteand binding region in effector caspase molecules
Bingöl E. N., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
BAU Drug Design, 13 - 15 Ekim 2016, (Özet Bildiri)
2016
201634. Investigation of Peptide Binding Affinity and Complex Stability ofHuman Leukocyte Antigens HLAs
bunsuz a., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
BAU Drug Design, 12 - 15 Ekim 2016, (Özet Bildiri)
2016
201635. Exploration of allosteric paths in caspase molecules using energy dissipation
Bingol E. N., Sercinoglu O., Sarica P.
41st FEBS Congress on Molecular and Systems Biology for a Better Life, Kusadasi, Türkiye, 3 - 08 Eylül 2016, cilt.283, ss.235, (Özet Bildiri)
2016
201636. Allelic modulation of global dynamics of HLA B 27 05 and HLA B 27 09 molecules
SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
13th Greta Pifat Mrzljak International School of Biophysics, 1 - 10 Eylül 2016, (Özet Bildiri)
2016
201637. HLA B 44 Alellerinin Peptid Bağlanma Davranış Mekanizmalarının Hesaplamalı Olarak Araştırılması
Bunsuz A., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
Biruni Üniversitesi Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı, Türkiye, 16 - 17 Mayıs 2016, (Özet Bildiri)
2016
201638. Investigating Dynamics of HLA Molecules by Energy Dissipation
Bingol E. N., Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
60th Annual Meeting of the Biophysical-Society, Los-Angeles, Şili, 27 Şubat - 02 Mart 2016, cilt.110, (Özet Bildiri)
2015
201539. Computational investigation of protein dynamics based on energy dissipation
Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
3rd International BAU-Drug Design Congress, Istanbul, 1 - 03 Ekim 2015, (Özet Bildiri)
2015
201540. Structural characterization of peptide binding to class I MHC proteins using protein energy networks from molecular dynamics simulations
Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
3rd International BAU-Drug Design Congress, Istanbul, 1 - 03 Ekim 2015, (Özet Bildiri)
2015
201541. Investigation of the binding behaviour of HLA B27 alleles at varying pH Conditions using computational methods
Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
3rd International BAU-Drug Design Congress, Istanbul, 1 - 03 Ekim 2015, (Özet Bildiri)
2015
201542. Computational study on the binding behaviour of HLA B44 alleles
Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
3rd International BAU-Drug Design Congress, Istanbul, 1 - 03 Ekim 2015, (Özet Bildiri)
2015
201543. Computational study on the binding behaviour of HLA B27 alleles at varying pH conditions
Ozcan G., Kutlu Kabas Z., Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
10th European Biophysics Congress, Dresden, 17 - 22 Temmuz 2015, (Özet Bildiri)
2015
201544. Peptide dependent binding stabilization effect of 2 microglobulin on HLA B27 alleles
Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
10th European Biophysics Congress, Dresden, 17 - 22 Temmuz 2015, (Özet Bildiri)
2015
201545. Peptide-dependent binding-stabilization effect of beta 2m on HLA B27 alleles: A computational study
Sercinoglu O., Ozbek P.
10th European-Biophysical-Societies-Association (EBSA) European Biophysics Congress, Dresden, Almanya, 18 - 22 Temmuz 2015, cilt.44, (Özet Bildiri)
2015
201546. Computational study on the binding behaviour of HLA-B27 alleles at varying pH conditions
Ozcan G., Kabas Z. K., Sercinoglu O., Ozbek P.
10th European-Biophysical-Societies-Association (EBSA) European Biophysics Congress, Dresden, Almanya, 18 - 22 Temmuz 2015, cilt.44, (Özet Bildiri)
2014
201447. Comparison of the binding behavior of HLA B alleles related to ankylosing spondylitis disease by computational methods
Kutlu Kabas Z., Ozcan G., Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery: Bridging Experiments and Computations, 10 - 14 Eylül 2014, (Özet Bildiri)
2014
201448. Comparative study of functional dynamics in mutant von hippel lindau tumor suppressor protein structures
Güçlü T. F., ÖZBEK SARICA P., Ozer A. N.
Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery: Bridging Experiments and Computations, Istanbul, Turkey, September 10-14, 2014, 10 - 14 Eylül 2014, ss.92, (Özet Bildiri)
2014
201449. Computational investigation of the energy exchange pathways in peptide loaded major histocompatibility complex proteins
Sercinoglu O., Ozcan G., ÖZBEK SARICA P.
Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery: Bridging Experiments and Computations, 10 - 14 Eylül 2014, (Özet Bildiri)
2014
201450. An investigation of the effects of model simplification and water box shell size on the molecular dynamics simulations of peptide loaded major histocompatibility complex proteins
Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery: Bridging Experiments and Computations, 10 - 14 Eylül 2014, (Özet Bildiri)
2014
201451. Binding behavior of HLA B alleles related to ankylosing spondylitis AS disease A comparative study by computational methods
Ozcan G., Kutlu Kabas Z., Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
ECCB’xx14, the 13th European Conference on Computational Biology, Strasbourg, 7 - 10 Eylül 2014, (Özet Bildiri)
2014
201452. Computational study on the effect of pH on the binding behaviour of HLA B alleles
Kutlu Kabas Z., Ozcan G., Sercinoglu O., ÖZBEK SARICA P.
ECCB’xx14, the 13th European Conference on Computational Biology, 7 - 10 Eylül 2014, (Özet Bildiri)
2014
201453. Dynamic Analysis of Mutant von Hippel Lindau Tumor Suppressor Protein structures
Güçlü T. F., ÖZBEK SARICA P., Ozer A. N.
2nd International BAU-Drug Design Congress, Istanbul, 17 - 19 Nisan 2014, (Özet Bildiri)
2013
201354. The intrinsic dynamics of partner chains aid in the detection of native complexes amongst docking decoys
Kaya C., Soner S., ÖZBEK SARICA P., Haliloglu T.
CAPRI 2013 Combine and Conquer Meeting, 17 - 19 Nisan 2013, (Özet Bildiri)
2013
201355. Collective Dynamics provides a measure for biological association
Soner S., Ovalı Ş. K., ÖZBEK SARICA P., BenTal N., Haliloglu T.
CAPRI 2013 Combine and Conquer Meeting, 17 - 19 Nisan 2013, (Özet Bildiri)
2010
201056. Dynamics predefine protein binding
Soner S., ÖZBEK SARICA P., Haliloglu T.
Chemical Physics Congress-IX Izmir, İzmir, Türkiye, 14 - 16 Ekim 2010, (Özet Bildiri)
2009
200957. Dynamics and evolutionary conservation of inter protein interfaces aid in the detection of native complexes amongst docking decoys
ÖZBEK SARICA P., Soner S., Chen N., Kalman M., Erman B., Bental N., et al.
CAPRI 4th Evaluation Meeting, 9 - 11 Aralık 2009, (Özet Bildiri)
2008
200858. The origins of polyethylenes resistance to rapid plane stress rupture
ÖZBEK SARICA P., Leevers P.
5th ESIS TC4 Conference on Fracture of Polymers, Composites and Adhesives, 7 - 11 Eylül 2008, (Özet Bildiri)
2007
200759. Plane stress rapid fracture resistance of pipe grade PE Estimation from tensile drawing data
ÖZBEK SARICA P., Leevers P.
ANTEC Conference Proceedings, 6 - 10 Mayıs 2007, (Tam Metin Bildiri)
Kitaplar
2021
20211. MOLEKÜLER DİNAMİK (MD) SİMÜLASYONLARI
Bingol E. N., SERÇİNOĞLU O., ÖZBEK SARICA P.
PROTEİN: YAPISI, MÜHENDİSLİĞİ, ETKİLEŞİMLERİ, DİNAMİĞİ VE İLAÇ TASARIMINDAKİ YERİ, Saliha Ece Acuner, Editör, Ankara Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, ss.237-255, 2021
2019
20192. In Silico Databases and Tools for Drug Repurposing
Serçinoğlu O., Özbek Sarıca P.
In Silico Drug Design, Kunal Roy, Editör, Elsevier Science, Oxford/Amsterdam , London, ss.703-743, 2019
Desteklenen Projeler
2023 - 2026
2023 - 2026Eskape Patojenlerinde Yaygın Bulunan D-Sınıfı Beta-Laktamazlara Karsı OrtakInhibitörlerin Belirlenmesi
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
Özbek Sarıca P. (Yürütücü), Aksu M. B., Keskin Özkaya Z. Ö., Avcı F. G., Sarıyar Akbulut B.
2021 - 2024
2021 - 2024
Sürdürülebilir Biyoekonomi Için Gıda Ile Yarışan Sübstratların Metanol, CO2 ve Metilamin Ile Değiştirilmesi
TÜBİTAK Uluslararası Çoklu İşbirliği Projesi , ERA.NET Projesi
Sariyar Akbulut B. (Yürütücü), Sayar N. A., Özbek Sarica P.
2021 - 2024
2021 - 2024Rasyonel tasarım ile Corynebacterium glutamicum?un L-DOPA üretimi için bir mikrobiyal hücre fabrikasına dönüstürülmesi ve LDOPA üretim prosesinin gelistirilmesi
TÜBİTAK Uluslararası İkili İşbirliği Projesi , 2525 - Almanya Eğitim ve Araştırma Bakanlığı (BMBF) İkili İşbirliği Programı
Sariyar Akbulut B. (Yürütücü), Sayar N. A., Özbek Sarica P., Kazan D.
2020 - 2023
2020 - 2023Tip 4 pili protein kompleksinin inhibisyonu ve inhibisyon dinamiğinin karakterizasyonu
TÜBİTAK Projesi , 1001 - Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Projelerini Destekleme Programı
Sarıyar Akbulut B. (Yürütücü), Özbek Sarıca P., Avci F. G., Keskin Özkaya Z. Ö.
2020 - 2022
2020 - 2022
Peptidlerle ilişkili bağışıklık sistemi proteinlerinin çalışma mekanizmalarının aydınlatılması
Diğer Resmi Kurumlarca Desteklenen Proje
(Proje Özeti)
Özbek Sarıca P. (Yürütücü), Sarıyar Akbulut B.
2019 - 2020
2019 - 2020
Kolorektal kanserinde farklılaşan protein-protein etkileşimleri üzerinden ilaç repozisyonu
TÜBİTAK Projesi , 1002 - Hızlı Destek Programı
Arğa K. Y. (Yürütücü), ÖZBEK SARICA P.
2019 - 2020
2019 - 2020Protein Yapilarinin Ağ Analizi İçin Web Tabanli Bir Araç Geliştirilmesi
TÜBİTAK Projesi , 1002 - Hızlı Destek Programı
Özbek Sarıca P. (Yürütücü)
2018 - 2020
2018 - 2020Majör Histokompatibilite Kompleks Proteinlerinin Peptit Bağlanma Afinite ve Kompleks Stabilitesinin Hesaplamalı Olarak Araştırılması
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
Özbek Sarıca P. (Yürütücü)
2017 - 2019
2017 - 2019Aporfin sınıfına ait alkaloitlerin in vitro ve in siliko yöntemlerle farklı sınıflara ait ilaç atım pompalarına inhibitör olarak değerlendirilmeleri
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
Sarıyar Akbulut B. (Yürütücü), Özbek Sarıca P., Avci F. G.
2016 - 2018
2016 - 2018Moleküler Dinamik Simülasyon Bazlı Sarsım Yöntemi ile Protein İçi Sinyal İletim Mekanizmasının Karakterizasyonu
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
Özbek Sarıca P. (Yürütücü)
2015 - 2018
2015 - 2018Computational Dynamical Characterization of Human Major Histocompatibility Complex Proteins
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Doktora
Özbek Sarıca P. (Yürütücü)
2014 - 2015
2014 - 2015Dynamic Characterization of Protein-protein Interfaces using Gaussian Network Model, Marmara University Research Fund Project
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
Özbek Sarıca P. (Yürütücü)
2013 - 2015
2013 - 2015Dynamic Characterization of HLA Molecules
TÜBİTAK Projesi , 3501 - Ulusal Genç Araştırmacı Kariyer Geliştirme Programı
Özbek Sarıca P. (Yürütücü)
2012 - 2013
2012 - 2013Dynamic Characterization of Protein Binding Mechanism
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje , BAP Araştırma Projesi
Özbek Sarıca P. (Yürütücü)
2009 - 2010
2009 - 2010Proteinlerde Bağlanma Mekanizmasında Yapısal Dinamik
TÜBİTAK Projesi , 2218 - Yurt İçi Doktora Sonrası Araştırma Burs Programı
Özbek Sarıca P., Haliloğlu T.
Bilimsel Kuruluşlardaki Üyelikler / Görevler
2016 - Devam Ediyor
2016 - Devam EdiyorBiophysical Society
Üye
Bilimsel Yayınlarda Hakemlikler
Kasım 2019
Kasım 2019COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY
SCI Kapsamındaki Dergi
Kongre ve Sempozyum Katılımı Faaliyetleri
01 Ekim 2018 - 01 Ekim 2018
01 Ekim 2018 - 01 Ekim 2018International conference on applied mathematics, modeling and Life Sciences
Çalışma Grubu
İstanbul-Türkiye
01 Şubat 2018 - 01 Şubat 2018
01 Şubat 2018 - 01 Şubat 2018Biophysical Society 62th Annual Meeting
Çalışma Grubu
California-Amerika Birleşik Devletleri
01 Ekim 2017 - 01 Ekim 2017
01 Ekim 2017 - 01 Ekim 20175th International BAU Drug Design Congress
Çalışma Grubu
İstanbul-Türkiye
01 Ekim 2017 - 01 Ekim 2017
01 Ekim 2017 - 01 Ekim 2017International Symposium on Chemistry via Computation Applications on Molecular Nanoscience
Çalışma Grubu
İstanbul-Türkiye
01 Mart 2016 - 01 Mart 2016
01 Mart 2016 - 01 Mart 2016Biophysical Society 60th Annual Meeting
Çalışma Grubu
California-Amerika Birleşik Devletleri
01 Ekim 2015 - 01 Ekim 2015
01 Ekim 2015 - 01 Ekim 20153rd International BAU Drug Design Congress
Çalışma Grubu
İstanbul-Türkiye
01 Temmuz 2015 - 01 Temmuz 2015
01 Temmuz 2015 - 01 Temmuz 201510th European Biophysics Congress
Çalışma Grubu
Dresden-Almanya
01 Eylül 2014 - 01 Eylül 2014
01 Eylül 2014 - 01 Eylül 2014Biophysical Society Thematic Meeting: Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics,and Allostery: Bridging Experiments and Computations
Çalışma Grubu
İstanbul-Türkiye
01 Haziran 2013 - 01 Haziran 2013
01 Haziran 2013 - 01 Haziran 2013Joint TCBG/MMBioS Hands-on Workshop on Computational Biophysics
Çalışma Grubu
Pennsylvania-Amerika Birleşik Devletleri
01 Nisan 2012 - 01 Nisan 2012
01 Nisan 2012 - 01 Nisan 2012Schrodinger Workshop, "Computational Drug Discovery"
Çalışma Grubu
İstanbul-Türkiye
01 Haziran 2011 - 01 Haziran 2011
01 Haziran 2011 - 01 Haziran 2011Three-days HADDOCK workshop
Çalışma Grubu
İstanbul-Türkiye
Burslar
2009 - 2011
2009 - 2011TUBITAK-BIDEB 2218
TÜBİTAK
2004 - 2008
2004 - 2008Chevron Phillips Chemical Company
Diğer Uluslararası Organizasyonlar
2004 - 2008
2004 - 2008