Arş. Gör. SUDE BÜYÜKKURT


Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü


WoS Araştırma Alanları: Yaşam Bilimleri (Life), Biyoloji ve Biyokimya, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Farmakoloji ve Eczacılık, Evrimsel Biyoloji, Biyofizik, Biyoloji


Avesis Araştırma Alanları: Yaşam Bilimleri, Biyoinformatik, Biyoenformasyon, Biyolojik Veritabanları, Temel Bilimler

Metrikler

Yayın

4

Yayın (WoS)

1

Yayın (Scopus)

1

Proje

1

Biyografi

Sude Büyükkurt, 2017 yılında Marmara Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü’nde başladığı lisans eğitimini 2021 yılında tamamlamıştır. 2022 yılında aynı bölümde yüksek lisans eğitimine başlamış ve halen Marmara Üniversitesi Biyoloji Bölümü’nde araştırma görevlisi olarak görev yapmaktadır.

Araştırma alanları; membranların moleküler dinamik simülasyonları, antimikrobiyal peptitlerin bakteriyel zarlarla etkileşimlerinin hesaplamalı biyofiziksel yöntemlerle modellenmesi, protein-ligand bağlanma afinitelerinin serbest enerji hesaplamaları ve ilaç keşfi süreçlerinde kullanılan in silico yaklaşımlar üzerinedir.

2022–2024 yılları arasında Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) tarafından 2210/A Yurt İçi Lisansüstü Burs Programı kapsamında desteklenmiştir. 2025 yılında Marmara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi tarafından düzenlenen MÜEFKON'25 kongresinde sunduğu poster çalışması ile “Poster Ödülü” kazanmıştır.

Akademik gelişimini desteklemek amacıyla birçok ulusal ve uluslararası eğitim programına ve çalıştaya katılmıştır. Bunlardan bazıları şunlardır:

  • Molecular Dynamics Simulations of Transmembrane Proteins – Gebze Teknik Üniversitesi, 2022

  • The Drug Discovery Journey from Early Discovery to Clinical Trials – Clarivate Analytics, 2022

  • Virtual Screening and Ligand Design using Small-Molecule Drug Discovery Suite – Schrödinger Webinar Serisi, 2022

  • GROMACS/pmx for Large Scale Alchemical Protein-Ligand Binding Affinity Screening – Berlin, Almanya, 2022

  • Overview of Enamine’s Scientific Achievements – Kyiv, Ukrayna, 2022

  • Bilimsel ve Eğitim Makaleleri Nasıl Yazılır ve Yayımlanır? – TÜBİTAK, 2023

Çeşitli bilimsel kongrelerde bildirileriyle yer almıştır. Seçilmiş bildiriler:

  • Antimikrobiyal Peptitlerin Gram-Pozitif Bakteri Membranlarıyla Etkileşiminin Hesaplamalı Modellerle Değerlendirilmesi, MÜEFKON'25, İstanbul, 2025.

  • Computer-Aided Thermal Adaptation Studies on the Bacterial Enoyl-[acyl-carrier-protein] Reductase (FabI), III. Uluslararası Bilimsel Kongre, İstanbul, 2023.

  • Molecular Origins of Life, Münih, Almanya, 2021.

Sude Büyükkurt, bilimsel kariyerine hesaplamalı biyoloji ve yapısal biyoinformatik alanlarında odaklanarak devam etmekte ve moleküler düzeyde biyolojik süreçlerin anlaşılmasına katkıda bulunmayı amaçlamaktadır.

Eğitim Bilgileri

2022 - 2025

2022 - 2025

Yüksek Lisans

Marmara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Türkiye

2017 - 2021

2017 - 2021

Lisans

Marmara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Türkiye

Yabancı Diller

B2 Orta Üstü

B2 Orta Üstü

İngilizce

Sertifika, Kurs ve Eğitimler

2023

2023

Bilimsel Bir Makale Nasıl Yazılır ve Yayımlanır Eğitimi

Mesleki Eğitim

Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu

2022

2022

Molecular Dynamics Simulations of Transmembrane Proteins Training Program

Mesleki Kurs

Gebze Teknik Üniversitesi

2022

2022

Clarivate Metacore Eğitimi

Stratejik Teknoloji Analizi

Biruni Üniversitesi ve Trinity Dublin Üniversitesi

2022

2022

The Drug Discovery Journey from Early Discovery to Clinical Trials

Sağlık ve Tıp

Clarivate Analytics

2022

2022

Computer Aided Drug Discovery Symposium and Workshop

Sağlık ve Tıp

Biruni Üniversitesi

2022

2022

Schrödinger‘s Webinar – Virtual Screening and Ligand Design using Small-Molecule Drug Discovery Suite

Veri Analizi

Biruni Üniversitesi

Araştırma Alanları

Yaşam Bilimleri

Biyoinformatik

Biyoenformasyon

Biyolojik Veritabanları

Temel Bilimler

Akademik Ünvanlar / Görevler

2025 - Devam Ediyor

2025 - Devam Ediyor

Araştırma Görevlisi

Marmara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü

Makaleler

Tümü (1)
SCI-E, SSCI, AHCI (1)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (1)
Scopus (1)

Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler

2025

2025

1. Antimikrobiyal Peptitlerin Gram-Pozitif Bakteri Membranlarıyla Etkileşiminin Hesaplamalı Modellerle Değerlendirilmesi

Büyükkurt S., Mutlu Ö.

Marmara Üniversitesi Ulusal Eczacılık Kongresi MÜEFKON’25, İstanbul, Türkiye, 8 - 10 Mayıs 2025, (Özet Bildiri)

2023

2023

2. Novel Anticancer Peptide Design; Computational Point of View

Albayrak-Karahan E., Büyükkurt S., Mutlu Ö.

9 TH INTERNATIONAL BAU DRUG DESIGN CONGRESS, İstanbul, Türkiye, 29 Kasım - 02 Aralık 2023, ss.127, (Özet Bildiri) Creative Commons License

2021

2021

3. Computer-Aided Thermal Adaptation Studies on the Bacterial Enoyl-[acyl-carrier-protein] Reductase (FabI)

Büyükkurt S., Mutlu Ö.

Molecular Origins of Life, Munich, Munich, Almanya, 25 - 27 Ağustos 2021, (Özet Bildiri)

Ödüller

Mayıs 2025

Mayıs 2025

MÜEFKON'25 Poster Ödülleri

Marmara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi



Kongre ve Sempozyum Katılımı Faaliyetleri

08 Mayıs 2025 - 10 Mayıs 2025

08 Mayıs 2025 - 10 Mayıs 2025

Ulusal Eczacılık Kongresi (MÜEFKON’25)

Katılımcı

İstanbul-Türkiye

29 Kasım 2023 - 02 Aralık 2023

29 Kasım 2023 - 02 Aralık 2023

9th INTERNATIONAL BAU DRUG DESIGN CONGRESS 2023

Katılımcı

İstanbul-Türkiye

28 Haziran 2023 - 28 Haziran 2023

28 Haziran 2023 - 28 Haziran 2023

CCPBioSim Industry Talk - Schrodinger

İzleyici / Dinleyici

London-İngiltere

11 Mayıs 2022 - 12 Mayıs 2022

11 Mayıs 2022 - 12 Mayıs 2022

Computer Aided Drug Discovery Symposium

Katılımcı

İstanbul-Türkiye

26 Nisan 2022 - 26 Nisan 2022

26 Nisan 2022 - 26 Nisan 2022

BioExcel HPC Workflows: predictive power and its applications in pharmacology

Katılımcı

Gothenburg-İsveç

21 Nisan 2022 - 21 Nisan 2022

21 Nisan 2022 - 21 Nisan 2022

Gromacs/pmx for large scale alchemical protein-ligand binding affinity screening

İzleyici / Dinleyici

Berlin-Almanya

17 Mart 2022 - 17 Mart 2022

17 Mart 2022 - 17 Mart 2022

The Role of Enamine in the Era of “Digital Pharmacology”

İzleyici / Dinleyici

Kyyiv-Ukrayna

16 Mart 2022 - 22 Mart 2022

16 Mart 2022 - 22 Mart 2022

Overview of Enamine’s Compound Libraries

İzleyici / Dinleyici

Kyyiv-Ukrayna

15 Mart 2022 - 15 Mart 2022

15 Mart 2022 - 15 Mart 2022

Overview of Enamine’s Scientific Achievements

İzleyici / Dinleyici

Kyyiv-Ukrayna

Burslar

2022 - 2024

2022 - 2024

2210/A Yurtiçi Lisans Bursu Programı

TÜBİTAK