Metrikler
Yayın
17
Açık Erişim
1
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Biyografi
2014 yılında Marmara Üniversitesi Biyomühendislik Anabilim Dalı'nda yüksek lisans eğitimine başladım. 2016 yılı Şubat ayında öğretim görevlisi olarak Marmara Ünivrsitesi Biyomühendislik Bölümü'nde işe başladım. 2017 yılında "Bacillus marmarensis sp. nov.'un alkalafilik adaptasyon mekanizmasının omik teknolojiler ile anlamlandırılması" başlıklı tezim ile yüksek lisans eğitimimi tamamladım. 2018 yılında Marmara Üniversitesi Biyomühendislik Anabilim Dalı'nda doktora eğitimime başladım ve 2019 Mart ayında doktora yeterlilik sınavını geçerek tez çalışmalarıma başladım. 2024 yılı Nisan ayında tez savunmamı başarı ile geçerek doktor ünvanı almaya hak kazandım. 2024 Şubat tarihinden beri Doktor Öğretim Üyesi olarak, bölümde çeşitli dersler vererek eğitim-öğretime katkıda bulunmaya ve akademik çalışmalarıma devam etmekteyim.
Eğitim Bilgileri
2018 - 2024
2018 - 2024Doktora
Marmara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik (İngilizce) Anabilim Dalı, Türkiye
2022 - 2023
2022 - 2023Doktora
Eberhard Karls Universitaet Tübingen, Almanya
2014 - 2017
2014 - 2017Yüksek Lisans
Marmara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik (Yl) (Tezli), Türkiye
2010 - 2014
2010 - 2014Lisans
Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, Türkiye
Yaptığı Tezler
2024
2024Doktora
An Enhanced Approach for a Systems-Based Metabolic Analysis of Corynebacterium glutamicum
Marmara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
2017
2017Yüksek Lisans
Bacillus marmarensis sp. nov.'un alkalafilik adaptasyon mekanizmasının omik teknolojiler ile anlamlandırılması 
Marmara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik (İngilizce) Anabilim Dalı
Yabancı Diller
C1 İleri
C1 İleriİngilizce
Araştırma Alanları
Mühendislik ve Teknoloji
Makaleler
Tümü (9)
SCI-E, SSCI, AHCI (8)
SCI-E, SSCI, AHCI, ESCI (8)
Scopus (9)
TRDizin (1)
2025
20251. Exploring the coupling of dynamic residues in TEM-1 β-lactamase and their role in activity
Avci F. G., Vardar Ulu D., Atas Erden B., ALTINIŞIK KAYA F. E., Ozkan S. B., SARIYAR AKBULUT B.
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
, 2025 (SCI-Expanded)
2023
20232. Can Genome Sequencing Coupled to Flux Balance Analyses Offer Precision Guidance for Industrial Strain Development? The Lessons from Carbon Trafficking in Corynebacterium glutamicum ATCC 21573
Kurpejović E., Wibberg D., Bastem G. M., Burgardt A., Busche T., Kaya F. E., et al.
Omics : a journal of integrative biology
, cilt.27, sa.9, ss.434-443, 2023 (SCI-Expanded)
2022
20223. Can DapC be the missing aminotransferease in the arogenate route of L-tyrosine biosynthesis in Corynebacterium glutamicum?
ALTINIŞIK KAYA F. E., Kurpejovic E., Burgardt A., Wendisch V. F., SARIYAR AKBULUT B.
FEBS OPEN BIO
, cilt.12, ss.180-181, 2022 (SCI-Expanded)
2021
20214. Evaluation of silibinin as an efflux pump inhibitor in Bacillus subtilis
Kaya F. E., Atas B., Avci F. G.
International Journal of Secondary Metabolite
, cilt.8, sa.2, ss.104-112, 2021 (Scopus)
2020
20205. Identification of novel inhibitors of the ABC transporter BmrA
Serçinoğlu O., Senturk D., Altinisik K., Avci F., Frlan R., Tomašič T., et al.
BIOORGANIC CHEMISTRY
, cilt.105, 2020 (SCI-Expanded)
2018
20186. What Are the Multi-Omics Mechanisms for Adaptation by Microorganisms to High Alkalinity? A Transcriptomic and Proteomic Study of a Bacillus Strain with Industrial Potential
ALTINIŞIK KAYA F. E., Avci F. G., SAYAR N. A., KAZAN D., SAYAR A. A., SARIYAR AKBULUT B.
OMICS-A JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY
, cilt.22, sa.11, ss.717-732, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2018
20187. Targeting a hidden site on class A beta-lactamases
Avci F. G., ALTINIŞIK KAYA F. E., Karacan I., Karagoz D. S., Ersahin S., Eren A., et al.
JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING
, cilt.84, ss.125-133, 2018 (SCI-Expanded, Scopus)
2017
20178. Transcriptomic analysis displays the effect of (-)-roemerine on the motility and nutrient uptake in Escherichia coli
Ayyildiz D., ARĞA K. Y., Avci F. G., ALTINIŞIK KAYA F. E., Gurer C., Toplan G. G., et al.
CURRENT GENETICS
, cilt.63, sa.4, ss.709-722, 2017 (SCI-Expanded)
2016
20169. An evolutionarily conserved allosteric site modulates beta-lactamase activity
Avci F. G., ALTINIŞIK KAYA F. E., Vardar Ulu D., ÖZKIRIMLI ÖLMEZ E., SARIYAR AKBULUT B.
JOURNAL OF ENZYME INHIBITION AND MEDICINAL CHEMISTRY
, cilt.31, ss.33-40, 2016 (SCI-Expanded)
Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler
2020
20201. New inhibitors of the BmrA pump identified through virtual screening
Senturk D., SERÇİNOĞLU O., ALTINIŞIK KAYA F. E., Frlan R., Tomasic T., AVCI F. G., et al.
MuTaLig COST ACTION CA15135 4th WG meeting, 05 Mart 2020, (Özet Bildiri)
2019
20192. Understanding the metabolic reprogramming behind alkaliphilic adaptation in Bacillus marmarensis through a multi-omics data integration strategy
Altınışık F. E., Arğa K. Y., Kazan D., Sarıyar Akbulut B.
44th FEBS Congress: From molecules to living systems, Krakow, Polonya, 6 - 11 Temmuz 2019, (Özet Bildiri)
2016
20163. Understanding alkaliphilic adaptation ofB marmarensis sp nov
ALTINIŞIK F. E., AVCI F. G., DENİZCİ A. A., KAZAN D., SARIYAR AKBULUT B.
FEBS 2016, 3 - 08 Eylül 2016, cilt.283, ss.127-427, (Özet Bildiri)
2016
20164. Investigation of proteome profile ofalkaliphilic B marmarensis sp nov underdifferent pH conditions
ALTINIŞIK F. E., AVCI F. G., DENİZCİ A. A., KAZAN D., SARIYAR AKBULUT B.
FEBS BIOINTERACTOMICS, 17 - 20 Mayıs 2016
2015
20155. Mutations of a conserved tryptophan residue of the TEM-1 beta-lactamase
ALTINIŞIK KAYA F. E., Avci F. G., SARIYAR AKBULUT B., ÖZKIRIMLI ÖLMEZ E., Ulu D. V., Karacan I., et al.
29th Annual Symposium of the Protein-Society, Barcelona, İspanya, 22 - 25 Temmuz 2015, cilt.24, ss.175, (Özet Bildiri)
2015
20156. A Novel Approach to Deliver Peptides that Target Intracellular Enzymes
ALAYBEYOĞLU B., ALTINIŞIK E., IRVALI D., SARIYAR AKBULUT B., ÖZKIRIMLI ÖLMEZ E.
3rd INTERNATIONALBAU-DRUG DESIGN CONGRESS, İstanbul, Türkiye, 1 - 03 Ekim 2015, (Özet Bildiri)
2015
20157. Mutations of a conserved tryptophan residue of the TEM 1 ß lactamase
ALTINIŞIK E., AVCI F. G., SARIYAR AKBULUT B., ÖZKIRIMLI ÖLMEZ E., VARDAR D., KARACAN İ., et al.
The 29th Annual Meeting of the Protein Society, 22 - 25 Temmuz 2015, ss.294
Akademik Dolaşım Faaliyetleri
2022 - 2023
2022 - 2023Araştırma Burs Programı
Misafir Araştırmacı
Eberhard Karls Universitaet Tübingen, Almanya