Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ELİF ÇAĞLAYAN
Danışman: Kadir Turan
Özet:
İnterferon Yolağı İle İlişkili Hücresel Proteinlerin İnfluenza A
Virüsü Konak Özgüllüğüne Etkilerinin Araştırılması
Öğrenci Adı : Elif ÇAĞLAYAN
Danışman Adı : Prof. Dr. Kadir TURAN
Amaç: Bu
çalışmada İnfluenza A virüsleriyle enfekte ya da viral RNA polimeraz enzimini
kodlayan plazmitler ile transfekte edilen HEK293 hücrelerinde interferonlarla
ilişkili genlerin transkript düzeylerinin saptanması ve virüsler ile konak interferon
savunma mekanizmaları arasındaki ilişkinin ve viral patogenezin
aydınlatılmasına ışık tutacak verilerin elde edilmesi amaçlandı.
Gereç ve yöntem: Çalışmada HEK293 hücreleri kullanıldı. Hücreler İnfluenza A/WSN/33/H1N1 (WSN)
veya A/Duck/Pennsylvania/10,218/84/H5N2
(DkPen) virüsleriyle
enfekte edildi ya da viral protein kodlayan plazmitlerle transfekte edildi. Hücrelerde
interferonlar ile ilişkili genlerin transkript düzeyleri gerçek zamanlı PZR ile
saptandı. Deneylerde 89 farklı gen için tasarlanan plakalar
(PAHS-016ZD-6/Qiagen) kullanıldı. Genler
için belirlenen rölatif transkript değerleri STAT3 geni değerleriyle normalize
edildi ve farklı
gruplarda transkript düzeyleri karşılaştırdı. Belirlenen bazı genler tarafından
kodlanan proteinlerinin viral RNA polimeraz enzimine etkileri araştırıldı.
Bulgular: Virüs
enfeksiyonunun HEK293 hücrelerinde interferonlarla ilişkili genlerin transkript
düzeylerinde büyük değişime neden olduğu görüldü. DkPen virüsleriyle enfekte
hücrelerde WSN virüslerine göre daha fazla sayıda genin down-regüle olduğu
saptandı (DkPen: 32 gen
down-regüle, 18 gen up-regüle / WSN:
19 gen down-regüle, 32 genin up-regüle). Transfekte
HEK293 hücrelerinde sentez edilen viral RNA polimeraz enzimi PA alt ünitesinin
farklı yönlerde de olsa transkript düzeylerinde dramatik değişmelere neden
olduğu görüldü. İnterferonlarla ilişkili seçilen proteinlerin çoğunun viral RNA
polimeraz enzimini inhibe ettiği saptandı.
Sonuç: İnsanlarda
enfeksiyon yapan WSN virüsleri ile karşılaştırıldığında, kuş tipi DkPen
virüslerinin HEK293 hücrelerinde daha fazla sayıda geni down-regüle ettiği
saptandı. Özellikle viral polimeraz
enzimi PA alt biriminin, hücrelerdeki genlerinin ekspresyonunu etkileyen önemli
faktörlerden biri olduğu belirlendi. İnterferonlar ile ilişkili proteinlerin de
virüs-konak spesifikliğini belirleyen etkenler arasında olduğu sonucuna
varıldı.
Anahtar kelimeler: İnfluenza A virüsleri, İnterferonlar,
Viral RNA polimeraz, PA proteini, Gen ekspresyonu