Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: TUĞBA KOÇMAR
Danışman: Kadir Turan
Özet:
İnsan SNX2 Proteini ile İnfluenza Virüsü RNA Polimeraz Enzimi Arasındaki
İlişkinin Memeli Hücrelerinde Araştırılması
Öğrencinin Adı : Tuğba KOÇMAR
Danışman : Prof. Dr. Kadir TURAN
Anabilim Dalı : Biyokimya (ECZ)
1. ÖZET
Amaç: İnfluenza A virüsleri sekiz adet tek iplikli negatif polarite gösteren RNA
molekülünden oluşan genoma sahiptirler. Geniş bir konak yelpazesine sahip olan bu
virüslerde replilasyon ve transkripsiyon işlevleri; PB2, PB1 ve PA alt birimlerinden
oluşan RNA polimeraz enzimi tarafından gerçekleştirilir. Viral RNA polimeraz enzimi
konak hücrede viral patogenezi etkileyen önemli bir faktördür. Bu çalışmada, maya
ikili-hibrit metodu kullanılarak viral PA proteini ile ilişkisi gösterilen insan sorting
nexin 2 (SNX2) proteinin influenza A virüsü replikasyonuna etkilerinin belirlenmesi
amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntem: Çalışmada maya ikili-hibrit testlerinde Saccharomyces cerevisiae
hücreleri kullanıldı. Memeli hücrelerinde PA ve SNX2 proteinleri arasındaki
etkileşimi saptamak için yapılan çalışmalarda HEK293 ve HeLa hücrelerinden
yararlanıldı. Enfeksiyon deneylerinde influenza A/WSN/33-H1N1 ve
A/duck/Pennsylvania-H5N2 virüs ırkları kullanıldı. Protein etkileşimlerinin
saptanmasında, birlikte immünçöktürme ve immünfloresan teknikler uygulandı.
Memeli hücrelerinde SNX2 ya da PA protein düzeylerinin geçici olarak arttırılması,
bu proteinleri kodlayan plazmitlerin hücrelere transfeksiyonu ile sağlandı. Hücrelerde
SNX2 transkript düzeyini düşürmek (knock down) için siRNA teknolojisinden
yararlanıldı. SNX2 protein düzeyi değiştirilen hücrelerde virüs replikasyonunun seyri
viral proteinlerin analizi ile saptandı. SNX2 proteinin viral RNA polimeraz enzimine
etkileri minireplikon modelleri ile araştırıldı.
Sonuç: İmmünçöktürme, immünfloresan boyama ve PL testleri HEK293 ve/veya
HeLa hücrelerinde plazmit vektörler üzerinden kodlanan SNX2 ve PA proteinlerinin
etkileşim halinde olduğunu gösterdi. SNX2 proteinine bağlanmada PA proteininin
özellikle amino-terminal bölgesinin (PAdC) önemli olduğu saptandı. İnsan SNX2
proteinin influenza A virüsü replikasyonuna negatif yönde etki ettiği, bu etkinin kuş
tipi influenza A/duck/Pennsylvania-H5N2 virüslerinde çok daha belirgin olduğu
ortaya kondu. Bu veriler PA ve SNX proteinlerinin influenza A virüsü patogenezini
etkileyen faktörler arasında olduğu sonucunu verdi.
Anahtar Kelimeler:
SNX2, İnfluenza virüsleri, İnfluenza RNA polimeraz enzimi, PA proteini