Aegilops tauschii'de tuz stresine dayanikliliği sağlayacak yeni genlerin cDNA AFLP yöntemi ile belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2009
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: AYŞEN YUMURTACI
Danışman: AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Tuzluluk dünyada tahıl verimliliğini ve kalitesini önemli ölçüde etkileyen çevresel stres etmenlerinden biridir. Bu çalışmada, ekmeklik buğday (AABBDD; Triticum aestivum L. cvs. Alpu, ES14, Yıldız, Dağdaş) ve makarnalık buğday (AABB; Triticum durum L. cvs. Ç1252, Selçuklu, Meram) çeşitleri ile Aegilops tauschii genotipleri (DD; Aegilops tauschii 45 ve Aegilops tauschii 95) kullanılarak tuz stresine dayanıklılığı sağlayan D-genomuna özgü yeni genlerin belirlenmesi amacıyla morfolojik, fizyolojik ve moleküler çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Su kültürü ortamında ekmeklik ve makarnalık buğday çeşitleri ile 2 adet Aegilops tauschii genotipine (Aegilops tauschii 45 ve Aegilops tauschii 95) 8 ve 27 saat boyunca 150 mM NaCl stresi uygulanmıştır.Ekmeklik ve makarnalık buğday çeşitleri, cDNA AFLP analizlerinde ?D? genomuna özgü transkriptlerin belirlenmesinde referans materyal olarak kullanılmıştır. NaCI stresi uygulanan Aegilops tauschii genotiplerine ait yaprak örnekleri buğday D-genomuna özgü tuz stresine dayanıklılığı sağlayacak yeni transkriptlerin (gen parçalarının) belirlenmesi için cDNA AFLP analizlerinde başlangıç materyali olarak kullanılmışlardır. cDNA AFLP analizleri ile elde edilen toplam 148 adet ?D? genomuna özgün transkriptin 73 tanesi Aegilops tauschii 45 ve Aegilops tauschii 95 genotiplerinde gözlenmiştir.cDNA AFLP analizleri sonucu poliakrilamid jellerden geri kazanımı yapılmış transkriptlerin (91 adet) DNA dizi analizi reaksiyonlarının ardından transkriptlerin nükleotid-protein benzerlik taramaları (Blastx analizleri) gerçekleştirilmiştir. Blastx analizi sonuçlarına göre veritabanlarında herhangi bir protein ile benzerlik göstermeyen D-genomuna özgü 3 yeni transkript (A452B2, A453C2, A9510B3) elde edilmiştir ve transkriptlerde ?DNA Walking? çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu transkriptlerden 2 tanesi (A452B2, A453C2) 8 saat boyunca 150 mM NaCl stresi uygulaması yapılan Aegilops tauschii 45 genotipinden, 1 transkript (A9510B3) ise 27 saat boyunca 150 mM NaCl stresi uygulanmış Aegilops tauschii 95 genotipinden elde edilmiştir. Ayrıca Aegilops tauschii 45 genotipinden elde edilmiş olan A452B2 transkriptinde RACE PZR analizleri yapılmıştır. Bu transkriptlerin NaCl stresi altındaki gen anlatımlarının doğrulanması GeXP Genomelab Genetik Analiz Sistemi (Beckman Coulter) kullanılarak kantitatif düzeyde gerçekleştirilmiştir. Tuz stresine dayanıklılık sağladığı belirlenen buğday ?D? genomuna özgün 3 yeni transkript (A452B2, A453C2, A9510B3) ?National Center for Biotechnology Information? (NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov) veri bankasına gönderilmiş ve NCBI tarafından sağlanan erişim numaraları (bankit 1200005-FJ853755, bankit 1200049-FJ853756, bankit 1200057-FJ853757) ile tüm bilim insanlarının hizmetine sunulmuştur.Bu tez çalışması ile elde edilen yabani buğday ?D? genomuna özgün yeni transkriptlerin (gen parçalarının), verimi yüksek ancak tuz stresine duyarlı olan kültüre alınmış buğday genotiplerinin iyileştirilmesi amacıyla bitki ıslah programlarında kullanılması hedeflenmektedir.