Molecular characterisation of sunflower broomrape (Orobanche cumana) germplasm

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2017

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: NİLAY YÖNET

Danışman: AHU ALTINKUT UNCUOĞLU

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Ayçiçeği (Helianthus annuus L.) içerdiği yağ ve diğer besin maddeleri açısından çok önemli bir bitkidir; fakat canavarotu (Orobanche cumana Wallr.) sebebiyle büyük tehdit altındadır. Bir tam parazit olan O. cumana sadece ayçiçeğinin paraziti olduğu için ayçiçeği canavarotu diye de adlandırılır. O. cumana kaynaklı verim kayıpları genellikle % 50 civarında olup % 100'e de ulaşabilmektedir. Bu çalışmada, ekonomik, güvenilir ve kolayca tekrarlanabilen bir genotipleme teknolojisi olan floresan işaretli allele özgü PZR tabanlı kompetitif allel spesifik PZR (KASP) analizi kullanılarak, Trakya Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden sağlanan O. cumana gen havuzunun, moleküler karakterizasyonunu gerçekleştirilmesi planlanmıştır. Bu amaçla, bitki ıslah programlarında geniş bir kullanım alanına sahip tek nükleotid polimorfizmi (single nucleotide polymorphism, SNP) markörleri KASP analizinde kullanılmıştır. Genetik yapısı hakkında yeterli bilgi bulunmayan O. cumana genomundaki varyasyonları bulmak için veri tabanları ve literatür taranmıştır. Gerçekleştirilen literatür taraması sonucunda, polimorfik yapı gösteren dört basit dizi tekrarı (simple sequence repeats, SSR) markör (Ocum-197, Ocum-006, Ocum-023 and Ocum-151) bölgesi, olası SNP'leri bulmak için kullanılmıştır. SNP içerebilecek olan bölgelerin çoğaltılması için primer çiftleri tasarlanmıştır ve bu primer çiftleriyle PZR çoğaltımları gerçekleştirilmiştir ve 1 aday delesyon (deletion) gözlemlenmiştir. Daha sonra bulunan delesyon KASP primerlerine çevrilerek KASP analizi gerçekleştirilmiştir. Delesyon primeri, Del-197, elde edilen allelik ayrım grafiğinde dokuz lokasyondan toplanmış olan örnekleri gruplandırmıştır ve bu gruplandırmaya göre, O. cumana ırklarının değerlendirilmesi için bir bulaştırma işlemi gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Del-197 primerinin O. cumana ırkları için ayırıcı bir markör olabileceği kabul edilmiştir ve Trakya bölgesindeki O. cumana ırklarının A, D, H ve I olarak değerlendirilmiştir.