Sarı pas hastalığı açısından dayanıklı ve duyarlı olarak belirlenen buğday (Triticum aestivum L.) çeşitlerinin gen zengin bölgelerdeki moleküler markörler ile araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Biyomühendislik Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2009
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: EZGİ ÇABUK ŞAHİN
Eş Danışman: AHU ALTINKUT UNCUOĞLU, YILDIZ AYDİN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Buğday için kullanılabilir olan yüksek yoğunluklu genetik bağlantı haritaları ve fiziksel haritalar, sarı pas hastalığı dayanıklılığını kontrol eden Yr genleri de olmak üzere bitki ıslahı açısından önemli çok sayıda gen ve markörü içermektedir. Buğdayın özellikle, 1B kromozomunun kısa kolundaki gen zengin (gen sıcak) bölgelerinde (?1S0.8?, ?1S0.6? ve ?1S0.4?), fungal hastalıklara dayanıklılık genleri de dahil, birçok önemli gen ve markör bulunmaktadır.Bu tez çalışmasında kullanılan sarı pas hastalığına dayanıklı (İzgi2001, Sönmez2001, PI178383) ve duyarlı (Aytın98, ES14, Harmankaya99) ekmeklik buğday çeşitleri, bu gen zengin bölgelerde bulunan 46 moleküler markör ile tarandı. ?Graingenes? (http://wheat.pw.usda.gov/cgi-bin/graingenes/browse.cgiclass=marker) internet sitesi kullanılarak DNA dizi bilgisine ulaşılan 46 markörden 26 adedinin primer dizisi ?BioEdit Version 7.0.9.0? ve ?Primer Premier 5.0? programları kullanılarak tasarlandı. Kullanılan 46 markörün 17 tanesi ile sarı pas hastalığına dayanıklı ve duyarlı olan buğday çeşitleri arasında polimorfizm gösteren bant profili elde edildi. Bu bant profilleri kullanılarak, ?PopGene32 Version 1.31? ve ?TreeView? bilgisayar programlarından yararlanılarak çeşitler arasındaki genetik benzerlik ve uzaklığı ifade eden dendogramlar oluşturuldu. Sonuçta, birbirine en uzak çeşitlerin sarı pasa duyarlı olan Aytın98 ve dayanıklı olan Sönmez2001 olduğu, birbirine en yakın çeşitlerin ise dayanıklı olan PI178383 ve Izgi2001 olduğu belirlendi. Ayrıca, buğdayın farklı kromozomlarının (1B, 2A, 2B, 7D) gen zengin bölgelerinde bulunan 7 Yr geni (Yr7, Yr9, Yr15, Yr17, Yr18, Yr26, YrH52) sarı pas hastalığına karşı dayanıklı ve duyarlı olan buğday çeşitlerinde tarandı ve aralarındaki DNA dizi farklılıkları, tekrar motif ve sayıları belirlendi. Buna göre; çeşitler arasında en fazla (GA) motifinin, en az ise (TAGA) motifinin tekrarlandığı belirlendi. DNA dizi farklılıkları (insersiyon, delesyon ve tek nükleotid değişimleri) göz önüne alındığında çalışmada kullanılan çeşitler arasında en çok korunmuş bölgeye sahip moleküler markörün Yr7 (Xgwm526) ve YrH52 (Xgwm273) olduğu en az korunmuş bölgeye sahip moleküler markörün ise Yr15 (Xgwm413) olduğu belirlendi.Elde edilen bu polimorfik yapıdaki markörler ve DNA dizi analizi farklılıkları baz alınarak primerler tasarlanması, sarı pas hastalığı bakımından segregasyon gösteren populasyonda denenebilir yeni moleküler markörlerin geliştirilmesi için önemli bir adım olabilir. Tüm bu ön çalışmalar, bitki ıslah programlarında uygun anaçların seçimi, haritalama populasyonlarının oluşturulması ve önemli tarımsal özelliklerle ilişkili moleküler markörlerin geliştirilmesi açısından son derece önemlidir.