Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2012
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: Rukiye Macit
Danışman: CEVDET NACAR
Özet:G PROTEİNİ BETA/GAMA ALT BİRİMİNİN ÜÇÜNCÜL YAPISININ HOMOLOJİ (BENZEŞİM) MODELLEMESİ İLE BELİRLENMESİ Bu çalışmada, hücre içi sinyal iletiminde rol alan ve daha çok merkezi sinir sisteminde bulunan insan Go proteininin α, β ve γ altbirimlerinin yapısı benzeşim modellemesi ile modellendi. Elde edilen model daha sonra yapılması planlanan teorik yapı işlev çalışmalarında kullanılacaktır. Benzeşim modellemesi için MODELLER yazılımı kullanıldı. Kalıp dizileri olarak sıçan ve sığır proteinlerinin birleşiminden oluşa kimerik protein dizisi (PDB ID: 3AH8) ve insan protein dizisi (PDB ID: 2QNS) kullanıldı. Elde edilen en iyi modelin enerjisi moleküler dinamik simülasyon yöntemi kullanılarak minimize edildi. Enerji minimizasyonu için NAMD yazılımı kullanıldı. Elde edilen βγ dimer ve αβγ heterotrimer üçüncül yapıların, X-ışını kristalografisinden elde edilen benzer protein yapıları ile uyumlu olduğu görüldü. Anahtar Kelimeler: G proteini, benzeşim modellemesi, moleküler dinamik simülasyon, NAMD, MODELLER. DETERMINING THE TERTIARY STRUCTURE OF BETA/GAMMA SUBUNITS OF G PROTEIN USING HOMOLOGY MODELLING SUMMARY In this study, tertiary structure of α, β and γ subunits of human Go protein which plays an important role in signal transduction and is found mostly in central nervous system was modelled by homology modelling. The tertiary structure obtained from modelling will be used for further studies on structure and function studies. Homology modelling was done by MODELLER. Chimeric rat/bovine (PDB ID: 3AH8) and human protein (PDB ID: 2QNS) sequences were used as template sequences. Energy of the best model was minimized by molecular dynamic simulation using NAMD. Tertiary structures of βγ dimer ve αβγ heterotrimer are highly consistent with the tertiary structures obtained by X-ray crystallography. Key words: G protein, homology modelling, molecular dynamic simulation, NAMD, MODELLER.