Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2014
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Asuman Şamlı
Danışman: ZEYNEP ARZU İLKİ
Özet:Mikobakteriler insanlarda ölüm sebebi olabilen önemli mikroorganizmalardır. Mikobakterilerin hızlı ve doğru olarak tanımlanması hastalığın çabuk tedavisi için önemlidir. Bununla birlikte, mikobakterilerin zor ve yavaĢ üremeleri nedeniyle tanımlanmaları kolay değildir. Biyokimyasal, sekanslama ve prob metotları gibi birçok mikobakteri tanımlama yöntemi bu amaçla kullanıma girmiĢtir. Marmara Üniversitesi Hastanesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarı‟na 2012-2013 yıllarında gelen 69 mikobakteri örneği çalıĢmamıza dahil edilmiĢtir. Son yılların popüler tanımlama metodu „Maldi Tof MS‟ yöntemi (Matriks ile desteklenmiĢ lazer desorpsiyon/Ġyonizasyon uçuĢ zamanı kütle spektrometresi /VITEK MS Version 2.0 system (bioMérieux)); „Nükleik Asit Hibridizasyon (DNA Prob)‟ ve „TBc Tanımlama Testi (BD MGIT)‟ ile karĢılaĢtırılmıĢtır. Tanımlamada altın standart olarak kullanılan klasik yöntem „TBc Tanımlama Testi‟ ile örneklerin 56 (%81)‟sı Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), 13 (%19)‟ü Non Tuberculosis Mycobacteria (NTM) olarak ayrı ayrı tanımlanmıĢtır. Sadece NTM‟leri, tür düzeyinde tanımlama açısından; Maldi Tof MS ve Nükleik Asit Hibridizasyon yöntemleri, klasik yöntem verileri esas alınarak, karĢılaĢtırılmıĢtır. Klasik yöntemle MTC ve NTM olarak tanımlanan tüm örnekler Nükleik Asit Hibridizasyon ile de aynı Ģekilde tanımlanmıĢtır. Nükleik Asit Hibridizasyonla NTM‟ler tür düzeyinde de tanımlanmıĢ ve bu yönteme göre M.intracellulare (n: 5) ve M.lentiflavum (n: 3) en sık tanımlanan NTM türleri olmuĢ ve bunları sırasıyla; M.xenopi (n: 2), M.malmoense, M.abscessus, M.avium (n: 1) izlemiĢtir. Maldi Tof MS ile tüm mikobakteri izolatlarının %88‟i tanımlanabilmiĢtir. Bunlar arasında Mycobacterium Tuberculosis Complex üyelerinin hepsi, tür ayırımı yapılmaksızın, MTC olarak tanımlanırken; tür düzeyinde 13 adet NTM‟nin yalnızca 5 (%38.5)‟i tanımlanmıĢ ve hepsi M.intracellulare olarak saptanmıĢtır. Maldi Tof MS‟in duyarlılığının, Nükleik Asit Hibridizasyon ve Klasik yöntem ile uyumuna bakıldığında; MTC açısından, %100 uyum bulunmuĢtur. NTM‟lerin tür düzeyinde tanımlanması açısından Nükleik Asit Hibridizasyon ile uyumun ise %38.5 gibi düĢük bir düzeyde kaldığı gözlenmiĢtir. Kikare istatistiksel yöntemi ile Maldi Tof MS ve Nükleik Asit Hibridizasyon tanımlama yöntemleri arasında anlamlı fark bulunmamıĢtır (p>0.05). Maldi Tof MS yöntemi ile tür düzeyinde tanımlama 45 dakika, maliyet 1 € iken; Nükleik Asit Hibridizasyon ile bu süre 6-7 saat, maliyet 30 € olmuĢtur. Sonuçta; Maldi Tof MS maliyet etkin olmasına rağmen, özellikle NTM‟ler için tür tanımlamada yetersiz spektralara sahip olduğu bulunmuĢtur. Günümüzde; Maldi Tof MS‟in, Nükleik Asit Hibridizasyon gibi moleküler yöntemlere kıyasla rutin tüberküloz laboratuvarlarında kullanım için yetersiz olduğu gözlemlenmiĢtir. Buna karĢın; NTM‟ler için, MTC tanımlamasındaki yüksek uyum dikkate alındığında, spektra geliĢtirilmesi ile yüz güldürücü sonuçlar alınabileceği düĢünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Mikobakteri, MALDI-TOF MS, Nükleik Asit Hibridizasyon ABSTRACT Mycobacteria may cause an important level of morbidity in humans. Rapid and accurate mycobacterial identification is important for improvement of patient outcomes. However, identification is not easy due to the slow and fastidious growth of mycobacteria. Several diagnostic methods, such as biochemical, sequencing, and probe methods, are used for mycobacterial identification. A total of sixty nine clinical strains have been included in our study from Marmara University Hospital Mycobacteria Laboratory between 2012 and 2013. We compared „Maldi Tof MS‟ (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry /VITEK MS Version 2.0 system (bioMérieux)), a popular identification method in recent years, to „Nucleic Acid Hybridization (DNA probes)‟ and „TBc Identification Test (BD MGIT)‟ for mycobacterial identification. By way of classical „TBc Identification Test‟ method which was used as the gold standard for identification; 56 (81%) Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and 13(19%) Non Tuberculosis Mycobacteria (NTM) were identified separately. Maldi Tof MS and Nucleic Acid Hybridization methods were compared based on the classical method data, only for NTM identification at species level in terms of effectiveness. All samples, identified as MTC and NTM by classical method, were also identified the same by Nucleic Acid Hybridization. NTM were found at species level by Nucleic Acid Hybridization and among NTM, M.intracellulare (n: 5) and M.lentiflavum (n: 3) were the most frequently isolated species, M.xenopi (n: 2), M.malmoense, M.abscessus, M.avium (n: 1) followed these in turn. Maldi Tof MS identified 88% of all the mycobacterial isolates. As all of Mycobacterium Tuberculosis Complex members were identified as MTC without any species discrimination, only 5 of 13 (38.5%) NTM were identified at species level and all of them were Mycobacterium intracellulare. Regarding the sensitivity of Maldi Tof MS in compliance with the Nucleic Acid Hybridization and Classical method, 100% compliance was observed in terms of MTC. For the identification of NTMs at the species level, compliance with the Nucleic Acid Hybridization was found as low as 38.5%. No significant difference was found between Maldi Tof MS and Nucleic Acid Hybridization methods by applying Chi-Squared test (p>0.05). Maldi Tof MS method with species level identification for forty five minute is 1 €, while the Nucleic Acid Hybridization for 6-7 hours costs 30 €. In conclusion; although Maldi Tof MS is cost effective, there is not sufficient spectra especially for NTM in identification of species. It is observed that Maldi Tof MS is insufficient compared to the molecular methods such as Nucleic Acid Hybridization for mycobacterial laboratory utilization at the present time. Whereas, it is assessed that more promising results, taking into account the high compliance of MTC identification, are expected with the development of NTM spectra. Keywords: Mycobacteria, Maldi Tof MS, Nucleic Acid Hybridization.