Çoklu İlaç Dirençliliği Sağlayan Dışa Atım Pompalarının İnhibisyonları Üzerine Hesapsal Çalışma
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik (İngilizce) Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: DUYGU ŞENTÜRK KARAGÖZ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Berna Sarıyar Akbulut
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:İlaçların dışa atımı ile gelişen antimikrobiyel direnç, dünya çapında bir sağlık sorunu olarak görülmektedir. Antibakteriyel duyarlılığı geri kazanma ve mevcut antibiyotiklerin klinik etkinliklerini geri döndürme zorunluluğu, bu dışa atım pompalarının işlevlerinin engellenmesine yönelik çalışmaları yoğunlaştırmaktadır. Mevcut tez çalışmasında, ATP enerjisini kullanarak çalışan ve Bacillus subtilus mikroorganizmasında bulunup bir zincirinde 575 amino asite sahip, homodimer yapılı dışa atım BmrA ilaç atım pompasının inhibisyonunu sağlayacak inhibitor adaylarının keşfedilmesi hedeflenmiştir. İnhibisyonu hedeflenen BmrA membran proteinine ait deneysel olarak belirlenmiş bir yapının henüz bulunmamasından dolayı, bu çalışmada ilk olarak BmrA'nın homologları olan Escherichia coli EcMsbA (Tam koordinatlı yapısı) ve Staphylococcus aureus SAV1866 (PDB: 2HYD) yapıları kalıp olarak kullanılarak 'Modeller 9.19' programı ile BmrA'nın yapısı oluşturulmuştur. Sanal tarama, Chemotheca (http:// chemotheca.unicz.it/index.php.) ve Chimiothèque Nationale (http://chimiotheque- nationale.cn.cnrs.fr/?-Acces-utilisateurs-) kütüphaneleri ile AutoDock Vina 1.1.2 programı kullanılarak 5 tekrarlı olarak gerçekleştirilmiştir. Sanal tarama bağlanma enerji sonuçları, DruLiTo ile belirlenen ligandların ilaç benzerlikleri ve BmrA ile ligandların bağlanma etkileşimleriyle birlikte değerlendirilmiştir. Tüm kriterler göz önüne alındığında, Chemotheca kütüphanesinden 5 ve Chimiothèque Nationale kütüphanesinden 27 olmak üzere toplam 32 potansiyel inhibitör adayı belirlenmiştir. Belirlenen 32 adayın BmrA'ya bağlandıkları bölgeler karşılaştıklarında, bu bölgelerde büyük benzerlikler olduğu gözlemlenmiştir. Bu benzerlik, sonuçların tutarlı olduğunu gösterip çoklu ilaç dirençliliği sağlayan BmrA dışa atım pompasındaki hedef bölgedeki kalıntılara ait önemli ipuçları vermektedir.