Investigation of peptide inhibitor binding to ß-lactamase

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyomühendislik (İngilizce) Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2009

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: NİLAY BÜDEYRİ

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): Berna Sarıyar Akbulut

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

ß-laktamazın neden olduğu antibiyotik direnci önemli bir sağlık sorunudur. Bu sorun ile mücadelede ß-laktamaz enzimi önemli bir hedef haline gelmiştir. ß-Laktamaz inhibitör proteini (BLIP), TEM-1 ve SHV-1 gibi A sınıfı ß-laktamazları yüksek ilgiyle inhibe eder. Bu çalışmanın ilk bölümünde, ß-laktamaz inhibitör proteininin yapısı temel alınarak oluşturulan peptit inhibitörlerinin (BLIP'in 45-52 kalıntıları) inhibisyon etkisi hesapsal yöntemlerle araştırılmıştır. Moleküler Dinamik Simülasyonları ile ß-Laktamaz inhibitör proteini ve seçilen peptid üzerinde çeşitli kalıntılar alanine dönüştürülerek bu kalıntıların SHV-1 ß-laktamaza bağlanması değerlendirilmiştir. Peptidin üzerindeki D49A ve Y50A mutasyonları SHV-1 ß-laktamazın yapı ve dinamiğini BLIP'ten farklı şekilde etkilerken Y51A mutasyonu SHV-1 ß-laktamazın yapı ve dinamiğini BLIP'e benzer şekilde etki etmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında ise in-vitro ve in-vivo ß-laktamaz inhibisyonu, farklı uzunluktaki iki peptit (ß-laktamaz inhibitör Proteinin A46-Y51 ve C30-D49 kalıntıları) ile incelenmiştir. In-vitro ortamda 400 ?M konsantrasyonda her iki peptidin de ß-laktamazı inhibe ettiği görülmüştür. In-vivo ortamda ise, aynı peptitler 28 ?M konsantrasyonda yeteri kadar inhibisyon etkisi gösterememiştir.