Sarı pas hastalığına dayanıklı ve duyarlı ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) çeşitlerinde DNA metilasyon polimorfizminin incelenmesi


Öğrenci: DİLEK TOK

Eş Danışman: YILDIZ AYDİN, AHU ALTINKUT UNCUOĞLU

Özet:

SARI PAS HASTALIĞINA DAYANIKLI VE DUYARLI EKMEKLİK BUĞDAY (Triticum aestivum L.) ÇEŞİTLERİNDE DNA METİLASYON POLİMORFİZMİNİN İNCELENMESİ Klasik ıslah çalışmalarının çok maliyetli olması, uzun zaman alması ve fazla işgücü gerektirmesi nedeniyle, moleküler ıslah çalışmaları son yıllarda hız kazanmıştır. Özellikle, tarımsal açıdan önemli yeni moleküler markörlerin geliştirilmesi, bitki ıslah programlarına uygun genotiplerin seçimi ve genotiplerin birbirine yakınlık ve uzaklık matrikslerinin oluşturulması açısından son derece önemlidir. Bu tez çalışmasında; sarı pas hastalığına dayanıklı ve duyarlı anaç genotipler (PI178383, Harmankaya99, İzgi01, ES14, Sönmez2001, Aytın98) ve F2 bireyleri, 50 RAPD primeri kullanılarak taranmıştır. Anaçlar arasında polimorfik olduğu gözlemlenen 45 adet RAPD primeri kullanılarak PI178383 x Harmankaya99, İzgi01 x ES14 ve Sönmez2001 x Aytın98 kombinasyonlarında Bulk Segregasyon Analizleri yapılmıştır. Ayrıca, DNA metilasyon polimorfizmini belirlemek amacıyla CRED-RA tekniği yardımıyla, RAPD analizlerinde kullanılan 50 adet primeri ile aynı çeşit genotipler polimeraz zincir reaksiyonuna tabi tutulmuştur. CRED-RA analizleri sonucunda anaçlar arasında polimorfik olarak belirlenen 50 adet primer, yine aynı koşullar altında PI178383 x Harmankaya99, İzgi01 x ES14 ve Sönmez2001 x Aytın98 kombinasyonlarında Bulk Segregasyon Analizleri’nde de kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar, DNA metilasyon polimorfizmi ve epigenetik markör olasılığı açısından değerlendirilmiştir. Bu verilere göre, DNA metilasyon polimorfizmi oranının en fazla PI178383 x Harmankaya99 kombinasyonunda, en az ise İzgi01 x ES14 kombinasyonunda olduğu görülmüştür. Epigenetik markör olma olasılığının ise Sönmez2001 x Aytın98 kombinasyonunda en fazla, PI178383 x Harmankaya99 kombinasyonunda ise en az olduğu belirlenmiştir. Her iki değerlendirme sonucunda da sarı pas hastalığı dayanıklılık kaynağı ile genetik olarak bağlantı gösteren bir markör elde edilememiştir. ABSTRACT INVESTIGATIONS OF DNA METHYLATION POLYMORPHISM IN TOLERANT AND SUSCEPTIBLE BREAD WHEAT (Triticum aestivum L.) CULTIVARS FOR YELLOW RUST DISEASE Molecular breeding studies, runs up in late years because of classis breeding studies are very expensive, have very long times and too much reproductive power. Particularly, the development of molecular markers associated with important agricultural traits, is extremely important selection of consistant genotypes to plant breeding programs and generating the distance/similarity matrixes among genotypes. In this thesis study, yellow rust disease resistant and susceptible (PI178383, Harmankaya99, İzgi2001, ES14, Sönmez2001, Aytın98) parent genotypes and their F2 individuals were screened by 50 RAPD primers. Bulk Segregation Analyses were performed in PI178383 x Harmankaya99, İzgi01 x ES14 ve Sönmez2001 x Aytın98 combinations with 45 RAPD primers that observed polymorphic between parents. 50 RAPD primers were also used in RAPD analyses, which were used in PCR with the same genotyes by CRED-RA technique for determining the DNA methylation polymorphism. CRED-RA analyses results identified as polymorphic between the rootstocks of 50 primers were also used again in PI178383 x Harmankaya99, İzgi01 x ES14 ve Sönmez2001 x Aytın98 combinations in bulk segregation analyses under the same conditions. The obtained results were evaluated in terms of DNA methylation polymorphism and epigenetic marker. Based on these data, the highest DNA methylation polymorphism ratio was observed in PI178383 x Harmankaya99 combination, the lowest DNA methylation polymorphism ratio was observed in İzgi01 x ES14 combination. The most epigenetic marker are likely to be in Sönmez2001 x Aytın98 combination, the least in PI178383 x Harmankaya99 combination was determined. A marker that genetic linkage resistant genes of stripe rust disease could not be obtained at the end of the assessment results in both.