Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: AYŞEGÜL PİRİNÇAL
Danışman: Kadir Turan
Özet:
İnfluenza A Virüsü NS1 Proteini ile İlişkilendirilen Konak Hücre Proteinlerinin Viral Replikasyona Etkileri
Öğrenci Adı: Ayşegül PİRİNÇAL
Danışman Adı: Prof. Dr. Kadir TURAN
Amaç: İnfluenza A virüsleri Orthomyxoviridae ailesi içerisinde yer alan RNA virüsleridir. Bu çalışmada influenza A virüsleri ile enfekte hücrelerde viral NS1 proteini ile EEF1G, LSG1 veya DDX56 proteinleri arasındaki ilişkinin aydınlatılması ve bu ilişkinin virüs replikasyonu açısından öneminin ortaya konması amaçlanmıştır.
Gereç ve yöntem: İnfluenza A virüsü NS1 proteini ile konak proteinleri arasındaki etkileşimin saptanmasında maya ikili-hibrit metodu, immün çöktürme, GST ile çöktürme ve immünfloresans tekniklerinden yararlanıldı. Etkileşim modellerinin analizleri in siliko yöntemler kullanılarak yapıldı. Geçici transfeksiyon ile EEF1G, LSG1 veya DDX56 protein miktarları arttırılan; ya da siRNA veya CRISPR/Cas9 teknikleri ile ilgili genleri susturulan hücreler influenza A/WSN/1933-H1N1 (WSN) veya A/Duck/Pennsylvania/1984-H5N2 (DkPen) virüs tipleri ile enfekte edildi ve bu hücrelerde viral replikasyonun seyri izlendi.
Bulgular: Maya ve memeli hücreleri ile yapılan testler NS1 proteininin EEF1G, LSG1 ve DDX56 proteinleri ile etkileşim gösterdiğini ortaya koydu. HEK293 hücrelerinde EEF1G miktarındaki artışın her iki virüs tipinin replikasyonunu; LSG1’deki artışın sadece DkPen tipi virüs replikasyonunu yavaşlattığı saptandı. Buna karşın DDX56’daki artış virüs replikasyonu üzerinde anlamlı bir değişime neden olmadı. Bununla birlikte, siRNA’lar ile DDX56 geni susturulan hücrelerde WSN tipi virüs replikasyonunun negatif yönde etkilendiği görüldü. CRISPR/Cas9 tekniği ile EEF1G geni mutasyona uğratılan hücrelerde DkPen tipi virüslerin; LSG1 geni mutasyona uğratılan hücrelerde her iki virüs tipinin replikasyonunda yavaşlama saptandı.
Sonuç: Bu çalışmada in vivo, in vitro ve in siliko analizler sonucunda insan EEF1G, LSG1 ve DDX56 proteinlerinin NS1 proteini ile ilişkili olduğu ortaya kondu. Bu proteinlerden EEF1G proteininin influenza A virüsleri üzerinde negatif yönde, LSG1 ve DDX56 proteinlerinin ise pozitif yönde etkiye sahip olduğu saptandı.
Anahtar kelimeler: İnfluenza A virüsü, NS1 proteini, EEF1G, LSG1, DDX56