Klinik örneklerden izole edilen germ tüp pozitif maya kökenlerinde candida albicans ve candida dubliniensis ayırımının fenotipik yöntemlerle ve PCR ile belirlenmesi


Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2006

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ÖNCÜ AKGÜL

Danışman: NİLGÜN ÇERİKÇİOĞLU

Özet:

Son yıllarda özellikle HIV ile enfekte ve AIDS hastalarından artan sıklıkta izole edilen Candida dubliniensis fırsatçı bir patojen olup, tekrarlayan azol grubu antifungal kullanımında ilaçlara karşı direnç geliştirebilmektedir ve bu nedenle tanımlanması zorunlu hale gelmiştir. Candida dubliniensis germ tüp ve klamidospor üretebilen bir tür olarak, geriye dönük çalışmalarda C. albicans olarak değerlendirilmiş olan izolatların arasında henüz az oranda da olsa saptanmaktadır. Biz de çalışmamızda Marmara Üniversitesi Hastanesi’nde yatan hastalardan 2004- 2005 yılları arasında izole edilen ve C. albicans olarak tanımlanmış olan 300 köken arasında C. dubliniensis oranını saptamayı ve bu mayanın tanısında kullanılabilecek PCR dışı en uygun testi belirlemeyi amaçladık. Çalıştığımız 300 kökenin fenotipik test sonuçlarına baktığımızda; tüm testlerin, standart C. dubliniensis CBS 7987 de dahil, PCR ile belirlenen C. dubliniensis izolatları için beklenen sonuçları vermiş olmalarına karşın, değişen oranlarda yalancı pozitiflik gösterdiklerini gördük. Yapılan çalışmalara göre önerilen fenotipik testler ile pozitif sonuç vererek C. dubliniensis olduğu yönünde şüphelendiğimiz kökenler ( ısı tolerans testinde 23, mısır unlu Tween 80 agarda 42, kazein agarda 20, metil mavili Sabouraud agarda 42, Pal’s agarda 9, tütün agarda 4, modifiye tuz tolerans testinde 2 köken ) arasında yer alan yalnızca 2 izolat PCR ile C. dubliniensis olarak doğrulanmıştır. Candida dubliniensis dünya genelinde yapılan geriye dönük çalışmalarda % 2-5 oranında saptanmıştır. Biz en az bir fenotipik testte pozitif sonuç veren seçilmiş 100 kökenin PCR analizlerini yaptığımızda, sonradan API ID32C ile de doğruladığımız iki tane ( % 2 ) kan ve idrar kaynaklı C. dubliniensis kökeni bulduk. Bu sonuç, literatürde yer alan diğer çalışmaların sonuçlarıyla da benzerdir. Çalışmamızda C. albicans ve C. dubliniensis’i ayırmada modifiye tuz tolerans testi dışında hiçbir fenotipik yöntem % 100 başarılı sonuç vermemiştir. Ancak tütün agar testinde % 0.6 gibi çok düşük bir yalancı pozitiflik oranı elde edilmiştir. Sonuçlarımıza dayanarak, PCR ve diğer otomatize sistemlerin olanaklı olmadığı durumlarda, uygulamadaki ve yorumlamadaki kolaylık da göz önüne alınarak, ön veri sağlaması açısından tercihen modifiye tuz tolerans testi olmak üzere bu iki testin rutin laboratuvarlarda kullanılabileceğini düşünmekteyiz. SUMMARY Discrimination of Candida albicans and Candida dubliniensis Among Germ Tube Positive Yeast Strains Isolated from the Clinical Samples by means of Phenotypic Methods and PCR Candida dubliniensis as an opportunistic pathogen has been increasingly isolated mainly from the HIV infected and AIDS patients in recent years, may develop resistance against repeatedly used azole antifungals; therefore it appears that identification of it became necessary. In retrospective studies, as a germ tube and chlamydospore producing species, C. dubliniensis has been detected among the strains previously named as C. albicans although in relatively small rates, already. In this study we aimed to detect the proportion of C. dubliniensis among 300 strains of C. albicans, isolated from the hospitalized patients at Marmara University Hospital between 2004- 2005 and to determine the most suitable non- PCR test be used in identification of this yeast. When looked at our results of the phenotypic tests applied, we saw that they gave the expected outcomes in the standard strain of CBS 7987 and in the two C. dubliniensis isolates diagnosed by PCR, but also exhibited false positive values in changing rates in 300 test strains. Among these strains suspected to be C. dubliniensis according to results of the suggested the phenotypic tests ( 23 in heat tolerance, 42 in corn meal Tween 80 agar, 20 in casein agar, 42 in methyl blue SA, 9 in Pal’s agar, 4 in tobacco agar and 2 in modified salt tolerance tests ) only the two isolates were confirmed as C. dubliniensis by PCR. In general, the rate of C. dubliniensis detected is between 2-5 %, in retrospective studies. We found only two ( 2 % ) C. dubliniensis strains detected by PCR and later on confirmed by API ID 32C isolated from blood and urine samples each, among 100 PCR analysed strains which were selected according to their positivity at least in one phenotypic test. This percentage is similar with the results of the other studies. In our study non of the phenotypic methods except for modified salt tolerance test revealed 100 % successful results in discrimination of C. albicans and C. dubliniensis. However in tobacco agar test the rate of false positivity was as low as 0.6 %. In respect to their simplicity in application and in interpretation, we suggest that in case of absence of PCR and other automatized identification systems, preferably modified salt tolerance test, these two phenotypic tests can be used in routine laboratories to obtain a preliminary result.