Evaluación del panel BioFire Filmarray para patógenos respiratorios: un análisis demográfico y clínico en Estambul, Turquía

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Karahasan A., Çimşit N. Ç.

INFECTIO, cilt.27, sa.2, ss.86-98, 2023 (Scopus)

  • Yayın Türü: Makale / Tam Makale
  • Cilt numarası: 27 Sayı: 2
  • Basım Tarihi: 2023
  • Doi Numarası: 10.22354/24223794.1127
  • Dergi Adı: INFECTIO
  • Derginin Tarandığı İndeksler: Scopus, EMBASE, Directory of Open Access Journals
  • Sayfa Sayıları: ss.86-98
  • Marmara Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

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ARTÍCULO ORIGINALEvaluation of BioFire Filmarray panel for respiratory pathogens: a demographic and clinical analysis in Istanbul, TurkeyNurcan Duman1,2, Rabia Can Sarınoğlu1,3,4, Mehmet Mucahit Güncü1,5,6, Beyza Nur Kuzan7,8, Bülent Aslan7,9, Nuri Çagatay Cimşit7,10, Ayşegül Karahasan1,11*1 Medical Microbiology Marmara University, School of Medicine, Pendik Training and Research Hospital, İstanbul, Turkey2 https://orcid.org/0000-0002-9036-18753 Department of Medical Microbiology, School of Medicine, Bahcesehir Uni-versity, Istanbul, Turkey.4 https://orcid.org/0000-0001-9222-86595 Marmara University, Institute of Health Sciences, Department of Microbio-logy and Medical Microbiology, Istanbul, Turkey6 https://orcid.org/0000-0003-2004-84777 Radiology, Marmara University, School of Medicine, Pendik Training and Research Hospital, İstanbul, Turkey8 https://orcid.org/0000-0002-5001-36499 https://orcid.org/0000-0002-0823-6259Recibido: 22/09/2022; Aceptado: 18/02/2023Cómo citar este artículo: N. Duman, et al. Evaluation of BioFire Filmarray panel for respiratory pathogens: a demographic and clinical analysis in Istanbul, Turkey. Infectio 2023; 27(2): 86-93AbstractWe aimed to analyze the distribution of respiratory pathogens(RP) detected by a multiplex PCR-based method (BioFire Diagnostics, USA) among patients with suspected respiratory tract infections (RTI) and to evaluate the demographic, clinical and radiological characteristics of infected individuals . RP were detected in 1621/6376 (25.4%) of the samples in the years 2018-2020. Rhinovirus/enterovirus (RV/EV) were the most commonly detected pathogens (38.1%) followed by in-fluenza A and B viruses (21%) and parainfluenza virus (PIV) (9.5%). Single pathogen was detected in 1361 (84%) and multi pathogens in 260 (16%) of 1621 samples. At least one comorbidity was present in 379 (30.5%) of the patients. Fever was the most common sign followed by cough and dyspnea. Thorax CT was present in 426 of 1243 RP positive patients (34.3%). Any radiological findings was found significantly related for a specific pathogen. No medication was given to 52.9% whereas antibiotics in 35.7% and antivirals in 3.8% of the patients. Film Array panel as a multiplex PCR test is not used rationally in our hospital and results were not dramatically improve management of RTI. A better communication between clinician and microbiologist is required for efficient use of laboratory and rational use of antimicrobials.Key words: Respiratory tract infections, Film Array respiratory panel, Multiplex PCR, antibiotic, antiviral Evaluación del panel BioFire Filmarray para patógenos respiratorios: un análisis demográfico y clínico en Estambul, TurquíaResumenNuestro objetivo fue analizar la distribución de patógenos respiratorios (RP) detectados por un método basado en PCR multiplex (BioFire Diagnostics, EE. UU.) entre pacientes con sospecha de infecciones del tracto respiratorio (ITR) y evaluar las características demográficas, clínicas y radiológicas de los individuos infec-tados. Se detectaron RP en 1621/6376 (25,4%) de las muestras en los años 2018-2020. Los rinovirus/enterovirus (RV/EV) fueron los patógenos detectados con mayor frecuencia (38,1 %), seguidos de los virus de la influenza A y B (21 %) y el virus de la parainfluenza (PIV) (9,5 %). Se detectó un solo patógeno en 1361 (84%) y múltiples patógenos en 260 (16%) de 1621 muestras. Al menos una comorbilidad estaba presente en 379 (30,5%) de los pacientes. La fiebre fue el signo más frecuente seguido de tos y disnea. La TC de tórax estuvo presente en 426 de 1243 pacientes positivos para RP (34,3%). Cualquier hallazgo radiológico se encontró significativamente relacionado con un patógeno específico. No se administró medicación al 52,9%, mientras que al 35,7% se le administraron antibióticos y al 3,8% antivirales. El panel Film Array como una prueba de PCR multiplex no se usa racionalmente en nuestro hospital y los resultados no mejoraron drásticamente el ma-nejo de las ITR. Se requiere una mejor comunicación entre el médico y el microbiólogo para el uso eficiente del laboratorio y el uso racional de los antimicrobianos.Key words: Infecciones del tracto respiratorio, panel respiratorio Film Array, Multiplex PCR, antibiótico, antiviral10 https://orcid.org/0000-0003-4735-414011 https://orcid.org/0000-0002-1560-2624* Autor para correspondencia: Correo electrónico: ayagci@marmara.edu.tr

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