Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Marmara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Cerrahi Tıp Bilimleri Bölümü, Türkiye
Tez Danışmanı: Fatih Bayraklı
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Desteklendiği Program: Bu tezi destekleyen bir program bulunmamaktadır
Özet:
Glioblastoma, beynin en sık görülen malign tümörüdür. Maksimum cerrahi
rezeksiyon sonrası kombine kemoradyoterapi uygulanması günümüzde kabul gören
tedavi şeklidir. Bu tedaviye rağmen ortalama sağ kalım 2 yıldan kısa sürmektedir.
Daha iyi tedaviler geliştirilmesi amacıyla glioblastoma genetiğinin araştırılması
günümüzde önemli bir bilimsel araştırma kolunu oluşturmaktadır. Bu çalışmamızda
glioblastoma hastalarının ameliyatları sırasında tümörün içinden ve tümöre komşu
olan çevre dokudan örnek alındı. 5 hastaya ait örneklerden DNA izolasyonu sonrası,
standart tümör/normal ekzom dizilemesine ( tümör örnekleri için 150x kapsama) ek
olarak, kanserle ilişkili olduğu bildirilen 527 gen için 500x kapsama olacak şekilde
dizileme yapılmıştır. Elde edilen ham dizileme verisi BWA-MEM kullanılarak
referans genomuna göre haritalandırılmıştır. Varyantlar çağrıldıktan sonra, elde
edilen çok sayıda varyantın allel frekansı hesaplandı. Tümörde ve normal örneklerde
yer alan her bir varyant için olan allel frekansına göre bir filtreleme yapılarak
anlamlı varyantların elde edilmesi sağlandı. Ayrıca VEP (Variant Effect Predictor)
kullanılarak bu varyantlar içerisinde protein üzerindeki etkisi yüksek-orta derecede
olanlar seçildi. Halka açık ekzom verisinde sıklıkla bildirilen fakat biyolojik olarak
artefakt olarak değerlendirilebilecek genlerin yer aldığı FLAG listesindeki genler
varyant analizinden çıkarıldı. Bütün bu biyoinformatik süreçlerin sonucunda beş
hastanın beşinde ve dördünde görülen mutasyonlar genom veribankalarından kontrol
edilerek değerlendirildi. Çalışmamızda beş hastanın hepsinde görülen GOLGA6L2,
CA11 genleri ile dört hastada ortak olarak görülen CNTNAP3B, NBPF12,
CRYBG2, FAM198B genleri glioblastoma ile ilişkili olabileceği düşünülen genler
olarak belirlenmiştir.