Akademik Veri Yönetim Sistemi
Güllü Amuran G. (Yürütücü), Türkdoğan D., Akkiprik M., Ünver O.
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma Projesi, 2022 - 2024
Özet: SMA resesif kalıtılan bir hastalıktır. SMN1 gen delesyonu veya mutasyonları sonucu ortaya çıkar (Keinath, Prior, & Prior, 2021).
Klinik ve genetik özelliklere göre 5 alt gruba ayrılır. Hastaların %95’inde SMN1 ekzon 7’nin homozigot delesyonu gözlenir (Keinath vd.,
2021; Rouzier, Chaussenot, & Paquis-Flucklinger, 2020; Wirth, 2021).
SMN1 geni 5q31’de yer alır (5q13), sentromerik kopyası ise SMN2 olarak adlandırılır ve 5’inci kromozomun sentromerik bölgesinde
yer alır. 2 gen %99 ortak DNA dizilimine sahiptir (Biros & Forrest, 1999). Ekzon 7’de 840C>T değişimi ekzon kırpılmasını bozarak ekzon
7 delesyonuna sebep olur. Hastaların %95’inde SMN1 ekzon 7’nin homozigot delesyonu gözlenir. SMN1, SMN2 genleri arasında
farklılık gözlenen 840C>T bölgesi baz alınarak SMN1 ve 2 genleri amplifiye edilerek hastaların %95’ine tanı konabilmektedir. SMA
hastalığının tanı kılavuzlarında SMN1 ekzon7-8 varlığının incelenmesi, şayet bu ekzonlarda delesyonu yoksa ileri tanıya devam
edilmesi önerilmektedir (Ar Rochmah vd., 2017; Keinath vd., 2021; Rouzier vd., 2020; Takeuchi vd., 2019).
SMA tanısı ve toplum taraması için kullanılan kitler SMN1 ekzon 7 varlığını tespit etmektedir. Tanı kitlerinin bir kısmı SMN2 kopya
sayısını da inceler. Kullanılan kitler MLPA, PCR, LAMP yöntemlerini kullanmaktadır. Hasta başına maliyet 200 TL civarındadır. Daha hızlı
ve düşük maliyetle tanı koyabilmek ve toplum taraması yapabilmek için alternatif yöntemler geliştirilmektedir (Ar Rochmah vd., 2017;
Czibere vd., 2020; Niba vd., 2017; Niba, Ar Rochmah, vd., 2019; Niba, Rochmah, vd., 2019; Pan vd., 2020; Shinohara vd., 2017;
Takeuchi vd., 2019; Taylor vd., 2015; Wijaya vd., 2020, 2019). Ayrıca DNA izolasyonu yapılmadan doğrudan PCR yapılması, kurumuş
topuk kanı örneklerinden PCR yapılması amaçlanmakta, geliştirilen her yöntem hem periferik kanda hem de kurumuş topuk kanında
çalışabilecek şekilde iyileştirilmeye çalışılmaktadır.
Cop-PCR bilinen genetik değişikliklerin tespit edilmesinde kullanılan bir yöntemdir (Ar Rochmah vd., 2017; Kato vd., 2014; Niba vd.,
2017; Niba, Ar Rochmah, vd., 2019; Niba, Rochmah, vd., 2019; Shinohara vd., 2017; Wijaya vd., 2019). DNA izolasyonuna ihtiyaç
duyar ve 2 PCR reaksiyonu gerektirir, bu da maliyet artışı ve zaman kaybına neden olmaktadır. Daha spesifik primerler tasarlanması ve
optimizasyonlar, hem izolasyon basamağının atlanmasını hem de tek PCR reaksiyonu ile sonuç elde edilmesini sağlayabilir. LNA PCR
zaman, maliyet avantajı sağlayacağı gibi duyarlılık ve hassasiyetin artmasını sağlayabilir. LNA primerler modifiye bazlar içerir ve klasik
primerlerden daha duyarlı ve daha verimli çalışırlar (Ballantyne, van Oorschot, & Mitchell, 2008; Latorra, Arar, & Hurley, 2003; Levin,
Fiala, Samala, Kahn, & Peterson, 2006; McTigue, Peterson, & Kahn, 2004; Navarro, Serrano-Heras, Castaño, & Solera, 2015).
Literatürde LNA primerlerin SMA tanısında kullanılmasına yönelik yalnızca 1 çalışma bulunmaktadır (Pan vd., 2020). SMN1 geni ekzon
7 amplifikasyonu LNA primerler ile sağlanmış ancak SMN2 ekzon 7 amplifikasyonu LNA-bloke edici prob kullanılarak baskılanmıştır.
SMN1 amplifiye edilmiş ve PCR kontrolü ABL geni ile yapılmıştır. 5’ LNA primerler ve dağılmış yapıda LNA primerler daha duyarlı ve
hassastır. Ancak çalışmada 3’ LNA primerler kullanılmıştır.
(Latorra vd., 2003; Levin vd., 2006; McTigue vd., 2004).
SMN1, SMN2 ekzon 7 kopya sayısının belirlenmesi için LNA primerlerin kullanılması ucuz ve hızlı bir tanı yöntemi olacaktır. SMN1,
SMN2 ve kontrol geni için uygun LNA primerler tasarlandığında, tek basamaklı PCR reaksiyonuyla hem kalitatif hem de kantitatif
analiz yapılabilir. Bu çalışmada uygun LNA primerler kullanılarak DNA izolasyonu yapmadan, SMN1-2 ekzon 7 varlığının belirlenmesi,
SMN2 kopya sayısının belirlenmesi dolayısıyla ucuz ve hızlı bir yöntemle SMA tanı ve taraması yapılabilen yerli bir SMA tanı ve tarama
kiti geliştirilmesi amaçlanmaktadır.