Çocuklarda total tükürük proteinlerinin proteomik analizi ve değerlendirilmesi


Thesis Type: Doctorate

Institution Of The Thesis: Marmara University, Faculty of Dentistry, Clinical Sciences (Faculty of Dentistry), Turkey

Approval Date: 2013

Thesis Language: Turkish

Student: MELTEM BAKKAL

Consultant: BETÜL KARGÜL

Abstract:

ÇOCUKLARDA TOTAL TÜKÜRÜK PROTEİNLERİNİN PROTEOMİK ANALİZİ VE DEĞERLENDİRİLMESİ Dt. Meltem BAKKAL Son yılllarda Kantitatif Proteomik Analizleri ile Tükürük Protein kompozisyonu, lokalizasyonu, modifikasyonu ve protein-protein arası ilişkiler gibi dinamik biyolojik proseslerde direkt ve güvenilir sonuçlar elde edilebilmektedir. Araştırmamızda süt dentisyon dönemindeki çocuklarda; Tükürük Akış Hızı, Tükürük pH değeri, Tükürük Fosfat, Kalsiyum ve Total Protein konsantrasyonları gibi tükürük parametreleri değerlendirilmiş, çürüklü ve çürüksüz gruplardaki protein farklılıkları Proteom analizi ile incelenmiştir. 3-5 yaş aralığında bulunan 18 çocuk; ICDAS II sınıflaması kullanılarak aktif çürük lezyonu bulunduran ‘çürüklü’ (n:8) ve aktif çürük lezyonu olmayan ‘çürüksüz’ (n:10) grup olmak üzere 2’ye ayrılmıştır. 2 µg protein içeren tükürük örnekleri (her grup için 8 örnek) ile hazırlanan çürüklü ve çürüksüz havuz gruplarında tükürük Proteom analizi Ters Fazlı-Yüksek Performanslı-Likit Kromatografisi-Elektrospray İyonizasyonu-Kütle Spektrometresi (RP-HPLC-ESI-MS/MS) ile yapılmıştır. Sonuçlar SEQUEST Algorithm Proteome Discoverer 1.3 yazılımı (Thermo Scientific, San Jose, CA, USA) ile incelenmiştir. Toplam 918 farklı protein tespit edilmiştir. Kantitatif proteom analizi için çürüklü ve çürüksüz gruplarda tanımlanan ve her iki grupta da tespit edilen 127 protein ile SIEVE yazılımı (Version 2.0 Thermo Scientific, San Jose, CA, USA) kullanılarak yapılan istatiksel inceleme sonucu %25 artış ya da azalma gösteren protein değerleri istatiksel olarak anlamlı şekilde farklılaşmış kabul edilmiştir. Analiz sonuçlarına göre çürüksüz gruba ait kromatogramlar içerisinden seçilen referans kromatogram ile diğerlerinin karşılaştırılması sonucu 14(%11) protein düşüş gösterirken, 80(%63) protein artış göstermiştir. Araştırmamızdaki Proteom değerlendirmesinde; Staterin, Histatin, Sistatin ve PRP gibi pelikılı oluşturan başlıca tükürük proteinlerinin süt dentisyon çürüklü grupta azaldığı gösterilmiştir. Bu da Tükürük Proteom Analizlerinin çürük riskini araştırmada kullanılabileceğini ortaya koymaktadır. Anahtar kelimeler; Proteome, Tükürük Proteinleri, Diş Çürükleri, Süt Dişli Dönem SUMMARY PROTEOMIC ANALYSIS AND EVALUTION OF WHOLE SALIVARY PROTEINS IN CHILDREN Dt. Meltem BAKKAL In recent years; Quantitative Proteomic Analysis has begun to be used as a direct and reliable method for dynamic biological processes such as composition, localization, modification of salivary proteins and protein-protein interactions. Aim of this study was to investigate the relationship between dental caries and saliva in children who are in primary dentition. Therefore salivary proteins were searched in detail after determination of salivary parameters including saliva flow rate, salivary pH and the concentration of phosphate, calcium and total protein. 18 children aged 3-5 years old were divided into 2 groups based on ICDAS II classification. 8 children with active caries were in ‘caries-active’ group and 10 children had no active caries were in ‘caries-free’ group. ‘Pool’ samples were prepared with 2 µg of protein from 8 samples/per group. Salivary proteom analysis were carried out by Reversed Phase-High Performans Liquid Chromatography-Electrospray Ionization-Mass Spectrometry (RP-HPLC-ESI-MS/MS) method. A total of 918 proteins were identified by SEQUEST Algorithm Proteome Discoverer 1.3software(Thermo Scientific, San Jose, CA, USA). Relative proteomic quantification was carried out in the 127 proteins observed in both groups. These proteins were used for statistical analysis by SIEVE(Version 2.0 Thermo Scientific, San Jose,CA,USA) with a threshold for significant differential level of higher or lower than the 25% protein level observed in the control group set up as caries-free group. Comparison of the caries-free group with caries-active group demonstrated 14(11%) proteins with a reduced protein level and 80 (63%) proteins showed an increase protein level. The results of proteomic analysis showed a decrease protein level in ‘caries-active’ group for the major proteins; Histatins, Statherin, PRPs and Cystatins which form the permeable biofilm layer called acquired enamel pellicle. This suggests the proteomic analysis might be useful to search risks of dental caries. Key words; Proteom, Salivary Proteins, Dental Caries, Primary Dentition