Farklı ortamlardan ayırımı yapılan aşırı halofilik bakterilerin protein profilleri ve bu bakterilerin sellülaz enzim aktivitelerinin ölçülmesi


Thesis Type: Postgraduate

Institution Of The Thesis: Marmara Üniversitesi, Turkey

Approval Date: 2005

Thesis Language: Turkish

Student: Erhan Çakmar

Consultant: AYŞE OGAN

Abstract:

Tuzköy Tuz Madeni'nden ayrımı yapılan ve daha önceki çalışmalarda kalitatif olarak selülaz aktivitesi gösterdiği saptanan 4TK1, 2TK2 ve 2TK3 suşlarının selülaz aktiviteleri bu çalışmada kantitatif olarak saptanmıştır. Aktivite tayini yapabilmek için bu suşlar %25 ve %10'luk NaCl içeren sıvı besiyerinde çalkalamalı etüvde üretilmişlerdir. Selülaz aktivitesinin tuz bağımlılığı, enzim çalışmalarında kullanılan NaCl konsantrasyonu değiştirilerek saptanmıştır. NaCl konsantrasyonu 0.5-4.0 M arasında değiştirilmiştir ve selülazın 2.5 M NaCl konsantrasyonunda maksimum aktivite gösterdiği saptanmıştır. %10 NaCl içeren besiyerinde üreyen suşların, %25 NaCl içeren besiyerinde üreyen suşlara göre daha yüksek aktivite gösterdiği belirlenerek ve bu suşlar içerisinde en fazla aktiviteyi ise 2TK2 suşunun gösterdiği gözlenmiştir. Homojen hale getirilen örneklerde Lowry metodu kullanılarak protein miktarı tayin edilmiştir. Protein miktarları 4TK1 ve 2TK2 suşlarında birbirine yakın bulunurken 2TK3 suşunda ise daha az bulunmuştur. Bu çalışmada %25 lik NaCl içeren besiyerinde üreyen suşların protein profillerini göstermek için kesikli SDS-Poliakrilamid jel elektroforez tekniği kullanılmıştır. İşlem sonunda ortaya çıkan protein bantları değerlendirilerek filogenetik sınıflandırma açısından benzer olan üç suşun protein profillerinin de aynı olduğu gözlenmiştir. Quantitative cellulase activities of the strains; 4TK1, 2TK2 and 2TK3 which were isolated from Tuzköy Salt Mine and formerly had been shown to have qualitative cellulase activities, were determined. These strains were grown in a liquid medium containing 25% and 15% NaCl in an orbital shaker incubator for activity determination. The salt dependence of cellulase activity was determined by varying the concentration of NaCl from 0.5 to 4.0 M used in enzyme assays, whilst keeping all other conditions constant. Maximum cellulase activity was attained for the enzyme working buffer containing 2.5 M NaCl and the cellulase activities of the strains which were grown in liquid medium containing 10% NaCl were higher than the strains grown in 25% NaCl. Among the tested strains 2TK2 strain showed the maximum activity. Protein content of the homogenized samples were determined according to Lowry method. Whilst protein contents of 4TK1 and 2TK2 strains were nearly same, 2TK3's protein content was lower than the other tested strains. To display the protein profiles of the strains which were grown in 25% NaCl, SDS-polyacrylamide gel electrophoresis was applied in this study. After the electrophoresis, protein bands were evaluated and it was seen that the strains having similar phylogenetic classification had also the similar protein patterns.